Никон не без гордости думал, что для бывшего сельского священника и многолетнего пустынного жителя он весьма скоро и верно разобрался в настроениях при московском дворе. Он заметил, например, что всесильный боярин Борис Иванович Морозов, воспитатель царя Алексея и один из богатейших людей России, внезапно начал жаловать киевское духовенство и обращаться за разрешением религиозных вопросов не к своему духовнику, а к приезжим грекам. Учитывая влияние Бориса Ивановича на внешнеполитический курс, следовало ожидать активизации России на юге и юго–западе (что и произошло).
Еще заметнее была деятельность царского постельничего и доверенного человека Федора Михайловича Ртищева. Тесно связанный со Стефаном Вонифатьевичем, Ртищев вдруг начал возводить под Москвой новый — Андреевский — монастырь. По совету Петра Могилы, митрополита Киевского, московский царедворец поселил в монастыре монахов из Киево–Печерского монастыря, «в житии, и в чине, и во чтении, и пении церковном, и келейном правиле изрядных». При поддержке своей сестры Анны Михайловны Ртищев энергично пропагандирует в Москве подозрительное для многих «благочестие» украинского православия, приглашает певчих, переводчиков и учителей в построенное им училище. Сам Федор Михайлович учится греческой грамоте; такое же желание выражает и царь Алексей, стараясь создать в Москве греческую школу, приглашая переводчиков и учителей с Украины.
Был и еще один фактор, одно влияние, признавать которое Никону внутренне не хотелось. В момент, когда решалось, кто будет вести Русскую церковь курсом единения с православным Востоком и Украиной, а проще — кто займет в ближайшем будущем место Новгородского митрополита, эту ступень к престолу патриарха Московского, в первопрестольную прибыл патриарх Иерусалимский Паисий. Искушенный в интригах грек на первой же аудиенции у государя обеспечил себе хороший прием, задев чувствительные струны московских властей.
«Пресвятая Троица, — говорил Паисий, — Отец, Сын и Святой Дух, едино царство и господство, благословит державное ваше царствие! Да умножит вас превыше всех царей, покажет вас победителем и одолетелем видимых противников и невидимых врагов, подобно древним и новым царям: царю Давиду, царю Иезекие и великому царю Константину. Да утвердит вас и умножит лета во глубине старости, сподобит вас благополучно восприять превысочайший престол великого царя Константина, прадеда (то есть предка. — А. Б.) вашего, да освободит народ благочестивых и православных христиан от нечестивых рук, от лютых зверей… Будь новым Моисеем, освободи нас от пленения; как освободил он сынов израилевых от фараонских рук жезлом — так ты знамением честнаго животворящего креста».
Далее патриарх Паисий постарался делом подтвердить свой любимый тезис, что греки были и есть «учителя веры». Он вел богословские беседы со Стефаном Вонифатьевичем, отвечал на многочисленные вопросы царя, передал патриарху Иосифу древнюю рукопись греческой «Кормчей» для исправления русской и т. п. Особый интерес Паисий проявил к архимандриту Никону, усмотрев в нем восходящую звезду Русской православной церкви. Долгое время потом Никон ограничивал свои воспоминания о Паисии замечанием, что тот укорял его за искажение русскими церковных книг и обрядов, в частности за неправильное сложение перстов при крестном знамении.
Никон не желал признаться самому себе, что беседы с хитроумным Паисием были и в духовном, и в мирском плане значительно более важны. В конце концов по вопросам церковного церемониала Паисий беседовал и с патриархом Иосифом, он даже договорился с московским первосвященником относительно общего греко–русского обряда поста на четыредесятницу и времени совершения литургии. С Никоном же Паисий активно искал сближения, стараясь одновременно как можно более поднять его авторитет в глазах царя Алексея Михайловича.
Перед наступлением Великого поста Паисий обратился к самодержцу с заказанным ему богословским рассуждением и, наряду с благими пожеланиями, прибавил: «Еще когда я был при Вашей милости в прошлые дни, говорил я с преподобным архимандритом Спасским Никоном, и полюбилась мне беседа его; и он есть муж благоговейный, и досуж, и верен царствию Вашему. Прошу, да будет свободно приходить к нам беседовать на досуге, без запрещения великого вашего царствия». Такая похвала от высокого для царя авторитета, конечно, помогла Никону занять Новгородскую митрополию.