В 1878 г., для укрепления обороны устья реки Амур, по железной дороге, в Николаевск-на-Амуре были перевезены миноноски, которые вошли в состав Сибирской флотилии (табл. 2).
В 1885 г. командующий войсками Приамурского военного округа впервые поставил вопрос о создании Амурской речной флотилии. По экономическим соображениям решение не состоялось, но с 1897 г. начинает действовать небольшая Амуро-Уссурийская казачья флотилия. Однако обременные обслуживанием станиц два парохода этой флотилии только в исключительных случаях могли содействовать охране границ и бороться с бандами хунхузов. Поэтому в 1898–1900 гг. вопрос о создании мощной речной флотилии рассматривался в межведомственной комиссии, работавшей по инициативе Военного министерства. Река Амур, благодаря своему громадному протяжению, до постройки Китайской Восточной железной дороги, была единственным путем сообщения между Николаевском, Хабаровском и Благовещенском — летом на судах, зимой на санях. К концу века, через 46 лет после начала парового судоходства, по водам Амурского бассейна уже плавало 160 паровых судов и 261 баржа. Кроме этого, по Селенге ходили: 1 пароход, 15 парусных судов и 20 барж. Это значение реки Амур особенно рельефно выявилось в 1900 г., во время боксерского восстания, когда Китайская Восточная железная дорога (КВЖД) находилась в периоде постройки, а материалы доставлялись сплавом по рекам. Кроме того, для усмирения восстания боксерских и хунхузских шаек войска с боевыми запасами пришлось перевозить на коммерческих пароходах и баржах, на которых устраивали временную защиту из мешков с землей и песком.
Пароходы Амуро-Уссурийской казачьей флотилии и Министерства путей сообщения: «Селенга», «Сунгари», «Газимур», «Амазор», «Хулок» и другие были вооружены легкой артиллерией и пулеметами. Командир Владивостокского порта выделил для этого десять 4-фунтовых пушек образца 1867 г., три 47-мм и одну 37-мм пятиствольную пушки Готчкиса. Наспех вооруженные пароходы принесли большую пользу в качестве разведчиков, конвойных и сторожевых судов.