18 июля 1919 г. стал помощником командующего войсками Приамурского военного округа и главного начальника Приамурского края. Правительством А.В. Колчака был произведен в генерал-майоры. Был утвержден в звании походного атамана Дальневосточных казачьих войск.
30 июля 1919 г. Г.М. Семенову предоставили право военного генерал-губернатора Забайкальской области и примыкающей к ней части Амурской области со штабом управления в г. Чите. 11 ноября 1919 г. Г.М. Семенов был назначен командующим войсками Читинского военного округа. 24 декабря 1919 г. был назначен главнокомандующим войсками Дальнего Востока и Иркутского военного округа, был произведен в чин генерал-лейтенанта, все это происходило в условиях восстания в тылу армии А.В. Колчака, которая несла тяжелые поражения на фронтах Гражданской войны. Г.М. Семенов пытался подавить меньшевистско-эсеровское восстание в Иркутске в декабре 1918 г. — январе 1919 г., направил туда свои части, но безуспешно.
По приказу адмирала А.В. Колчака возглавил все вооруженные силы белых на Дальнем Востоке, с 10 февраля — как главнокомандующий всеми вооруженными силами Российской Восточной окраины, а с мая 1920 г. — как главнокомандующий всеми вооруженными силами и походный атаман всех казачьих войск Российской Восточной окраины. После захвата красными Забайкалья белые под командованием атамана Г.М. Семенова отступили в Маньчжурию.
Созданное во Владивостоке в мае 1921 г. Временное Приамурское правительство братьев Меркуловых отказалось поддерживать Семенова. Не получив поддержки, Г.М. Семенов отправился в Шанхай. В Шанхае задержаться надолго не удалось, так же как и в Тяньцзине. На Семенова было совершено два неудачных покушения, в Китае оставаться было опасно. Семенов вначале хотел уехать в Японию, но правительство этой страны ему отказало в этом.
Наконец в 1922 г. с согласия французского правительства Г.М. Семенов выехал во Францию через Японию, Канаду и США. Находясь в США, Г.М. Семенов был ненадолго арестовал (был выпущен под залог. —
Сумма иска доходила до 25 000 долларов. В апреле 1922 г. Семенов был оправдан, но по решению суда ему было предписано покинуть США. Этот процесс широко освещался в американской прессе{453}
. Григорий Михайлович вынужден был вернуться в Китай в том же 1922 г., где при поддержке знакомых генералов и офицеров японской армии, в основном благодаря содействию генерала Юхи смог переехать оттуда в Японию, в город Нагасаки.Прибытие в Японию было ограничено обязательствами: не заниматься политической деятельностью и жить под другой фамилией. В Японию Г.М. Семенов прибыл в том же 1922 г. под псевдонимом Эрдени, но его вскоре разоблачили журналисты, И Г.М. Семенов фактически, таким образом, легализовался. Вплоть до 1924 г. Г.М. Семенов был лишен передвижения но стране и жил только в Нагасаки.
Вот как вспоминает об этом времени сам Семенов:
В 1928 г. Г.М. Семенов переехал из Нагасаки в Йокогаму, а в 1930 г. переезжает в Маньчжурию, где покупает себе дачу в местечке Какагаши вблизи Дайрена. Находясь в Маньчжурии, Г.М. Семенов тесно сотрудничал с японскими военными и фактически считался главой русской эмиграции. Семенов также возглавлял Союз казаков на Дальнем Востоке, но формально, так как у Союза казаков был свой председатель. Участвовал во встречах с русскими фашистами. Находясь в эмиграции, Г.М. Семенов писал статьи, мемуары. В 1938 г. они вышли в Харбине под заголовком «Атаман Семенов. О себе: Воспоминания, мысли, выводы». В статьях же Г.М. Семенов призывал к дальнейшей борьбе и непримиримости со сложившимся строем в России. Поддерживал Японию как союзника национальной России: