Разработанные Мюнхгаузеном принципы организации Гёттингенского университета наилучшим образом отвечали идеям эпохи Просвещения. На первое место среди них барон ставил терпимость и взаимоуважение ученых, золотую libertas philosophandi — свободу научного поиска. Сохраняя в качестве куратора университета высшую надзирающую власть, он помогал налаживать ученую жизнь, стремился не только приглашать на кафедры лучших в своей области ученых, но и, что важно, предоставлять им в дальнейшем все условия для успешной научной работы в Гёттингене. Мюнхгаузен был одним из немногих людей своего времени, который понимал, что слава университета держится не столько на блестящих именах, сколько на создаваемой вокруг него
Вследствие таких благоприятных для развития науки обстоятельств, Гёттингенский университет быстро достиг европейской славы. В течение XVIII века здесь преподавали знаменитые немецкие ученые, такие как физиолог А. Галлер, математик А. Г. Кестнер, физик Г. К. Лихтенберг, натуралист И. Ф. Блуменбах, филологи И. М. Гесснер и X. Г. Гейне, историки И. К. Гаттерер и А. Л. Шлёцер, юрист И. Г. Пюттер (последний был не только родоначальником современной науки государственного права, но и первым историком Гёттингенского университета) и др. Благодаря трудам профессоров Г. Ахенваля и А. Л. Шлёцера именно в Гёттингене впервые было начато преподавание новой и актуальной для просвещенного сознания XVIII века науки о государстве — статистики. В 1751 г. было основано Гёттингенское ученое общество (позднее — Академия наук), представлявшее собой первое в немецких университетах собрание ученых, ставившее целью активизацию научной деятельности вокруг университета: регулярный выпуск научных трудов, объявление конкурсных задач и т. д.
Авторитет Гёттингенского ученого общества скоро сравнился с ведущими европейскими академиями, и в частности оно повлияло на организацию ученых обществ при российских университетах в начале XIX в. А уже с 1739 г. университетом издавалась «ученая газета» — Göttingische Zeitungen von Gelehrten Sachen (более позднее название Göttinger Gelehrte Anzeigen) — одно из старейших периодических научных изданий в Германии, выходившее три раза в неделю (!) и состоявшее из рецензий на публикации и кратких сообщений о новых событиях в различных отраслях знаний. Как и другие стороны организации научной деятельности в Гёттингене, «Гёттингенские ученые ведомости» представили важный, в том числе и для России, образец по созданию научной периодики, получивший множество последователей.