Тяжелое время переживала тогда Русь: не успел царь Василий IV вступить на престол, как распространился слух, что Лжедимитрий спасся от смерти, и в Новгороде-Северском началось восстание; оно стало быстро распространяться. Мятежники под водительством Ивана Болотникова и князя Шаховского шли на Москву. В это время одному священнику было откровение, что за покаяние Господь помилует Русь. Патриарх назначил особые моления и пост, и неожиданно отряд стрельцов в 200 человек разбил главные силы мятежников. Но надлежало разрешить народ от анафемы, которою связал его Патриарх Иов за нарушение присяги дому Годуновых и за убийство юного царя Феодора Борисовича. По приглашению Святейшего Ермогена бывший Патриарх Иов приехал в Москву. Оба Патриарха совместно выработали чин покаяния. В Успенском соборе Святейший Ермоген в полном облачении стал на своем месте, а рядом с его кафедрой стал бывший Патриарх Иов, в бедной иноческой рясе. Все плакали, когда архидиакон читал акт народного покаяния и разрешения Патриарха Иова. Потом к нему обратился царь и народ: «Прости нас, прости и благослови». И Иов простил. «Чада, — сказал он, — молю вас больше такова не чинити и клятвы ваши не преступати...» Однако же через 2 месяца восстание началось опять. Мятежники были разбиты. Патриарх Ермоген настаивал, чтобы был взят Новгород-Северский, где в то время появился Лжедимитрий II, и самое гнездо мятежа в корне уничтожено. Но царь, по вялости своей, его не послушал, и новый Лжедимитрий появился под самой Москвой и основал свой лагерь в подмосковном селе Тушине, откуда и прозвище его — Тушинский вор. Оттуда его шайки делали разбойничьи набеги в самую глубь России, а одна из них, под водительством Сапеги, осадила Троице-Сергиеву лавру. С трудом удалось Патриарху добиться, чтобы осажденным была послана небольшая помощь. В то же время, вопреки его советам, был сделан новый промах: царь заключил союз с королем шведским Карлом IV, личным врагом польского короля Сигизмунда, у которого он отнял наследственный шведский престол, а результатом этого союза был поход Сигизмунда пpoтив России.
Началась полная разруха: часто в одной и той же семье одни были за царя Василия, а другие за Тушинского вора. Марина Мнишек признала его своим мужем и убежала к нему в Тушино. Патриарх боролся со злом увещаниями, проповедями и, наконец, отлучениями, что было самым сильным оружием в руках его. Поляки отрезали подвоз продовольствия к Москве, и начался голод. Цены страшно поднялись. Патриарх приказал продавать народу по низкой цене лаврские запасы ржи, которые были в Москве, но этого было мало. Началось возмущение против Шуйского. Часто в сопровождении своего сотрудника, старицкого архимандрита Дионисия (память его 10 мая), Патриарх выходил к толпе и успокаивал ее. Одно время казалось, что положение улучшается: народный любимец — молодой воевода князь Михаил Васильевич Скопин-Шуйский очистил весь север России от тушинских шаек и освободил лавру (см. 13 янв., житие прп. Иринарха).
Вор бежал в Калугу. Поляки от него отказались, но непонятная скоропостижная кончина князя Михаила и поражение русских войск, посланных на освобождение осажденного Смоленска, решили судьбу Шуйского. Вспыхнул страшный мятеж: его низложили и насильно постригли в монахи. Обеты вместо него произносил князь Тюфякин. Это кощунство, против которого он был бессилен, страшно возмутило Патриарха, который никогда не хотел признавать иноком царя Василия, а признавал бы таковым Тюфякина. «Я тебя освобожу от монашеской рясы», — говорил он. Бывшего царя заточили в Иосифо-Волоколамский монастырь. Таким образом, Патриарх Ермоген стал начальным человеком на Руси. Но самые мрачные предчувствия его осуществились. Смута на Руси дошла до крайности. В Москве образовалось временное правительство из бояр, которому предстоял выбор между требованиями короля Сигизмунда и Вора. Но Вор был открытым противником всякого порядка, и за него стояла голытьба. Поэтому бояре склонились на сторону поляков и избрали царем королевича Владислава, сына Сигизмунда. Патриарх протестовал: он хотел видеть царем юного Михаила Феодоровича Романова, сына архиепископа Ростовского Филарета — в миру Феодора Никитича Романова, племянника первой жены Иоанна Грозного, царицы Анастасии, — но бояре настояли на своем.