В Вербное воскресенье (17 марта 1611) обычное шествие Патриарха на ослята произошло в необычайной обстановке: опасаясь кровопролития, Патриарх тайно распорядился, чтобы не являлось ни духовенство, ни народ, и шествие совершилось в присутствии лишь вооруженных иностранцев — поляков и немцев. Настроение в городе было страшно напряженное, и через два дня произошла страшная резня из-за самого пустого повода; видя, что они с восставшими не справляются, поляки сожгли весь город, кроме Китай-города и Кремля, где они затворились с боярами. Патриарха же заключили в монастырь под польскую стражу. В это время ополчение уже подошло и начало осаду Кремля и Китай-города. Поляки стали грозить Патриарху, что уморят его, если он не прикажет ополчению уйти. Он ответил: «Что вы мне грозите? Я боюсь одного Бога. Если вы уйдете, я им прикажу уйти, разойтись, а иначе прикажу остаться и умереть за веру. Вы мне обещаете жестокую смерть, но через нее я надеюсь получить венец. Давно я уже желаю пострадать за истину». Тогда поляки заточили его в тесный погреб в Чудовом монастыре и выдали его злому его врагу — Салтыкову, который стал его теснить. Но в ополчении началась разруха: предводитель его, рязанский дворянин Прокопий Ляпунов, был убит казачьим атаманом Иваном Заруцким и ополчение стало расходиться. Казаки опять принялись за свои грабежи.
Наступили самые черные, мрачные дни для России. Смоленск был взят поляками, Новгород — лжесоюзниками шведами, в Пскове появился новый самозванец. Прошел слух, что казаки хотят провозгласить царем сына Марины Мнишек и Тушинского вора. Тогда восьмидесятилетний Патриарх обратился из своего заточения к русским людям с последним своим призывом. «Писать в Казань к митрополиту Ефрему, — писал он в нем, — чтобы писал в полки к боярам и казакам, чтоб крепко стояли за веру и не пускали сына Маринки на престол, — не благословляю! Писать в Вологду к властям и святителю Рязанскому тоже, чтобы в полки писали и к боярам, чтобы уняли грабеж, блюли братство, клали живот за Дом Пречистыя (так русские называли свою родину), как обещали. Да и во все города пишите, чтобы писали во все города, в полки и боярам, чтобы сына Маринки не пускали на престол. Говорить везде моим именем». Чувствуется, с какой лихорадочной поспешностью написано это послание и что ни одной минуты терять было нельзя.
Письмо это Патриарх послал с двумя верными смелыми людьми, которые, рискуя жизнью, тайно посещали его в его заточении. Он сам называет их «бесстрашными людьми». Они приносили ему из городов грамоты, передавали его послания и исполняли устные поручения. Он им верил как прямым, отважным и верным людям. Потомство должно запомнить их имена: это были боярский сын, то есть военный, Роман Пахомов и посадский человек, то есть горожанин, из города Свияжска Родион Моисеев. О них Патриарх пишет в том же послании: «Прислать прежних, которых присылали ко мне с грамотами, „бесстрашных людей" свияжанина Родиона Моисеева и Романа Пахомова... А им в полках говорить бесстрашно, что Маринкин сын ненадобен... В города с грамотами посылать же и велеть говорить им моим словом. А вам всем благословение и разрешение в этом веке и будущем за то, что стоите за веру непоколебимо, а я должен за вас Бога молить».
Отпуская своих верных посланцев, Патриарх благословил их со словами: «Если вы пострадаете за веру, Бог вас простит и отпустит вам грехи ваши в сей жизни и будущей...» Действительно, сын Тушинского вора и Марины был ставленником казаков, и оба посланца знали, какая страшная опасность им грозила за это послание в казачьих таборах. Однако же послание Патриарха они за его молитвы благополучно принесли в Нижний Новгород 12 января 1611 г. Оно-то и вызвало знаменитое народное движение под предводительством Космы Минина и князя Пожарского, которое и спасло Россию. Из своей тюрьмы молился за них Патриарх. Современники говорят, что, когда он молился за родину, слезы градом струились по его лицу.
Как только в Москве узнали, что приближается новое ополчение, поляки и изменники приступили опять к Патриарху со своими домогательствами и угрозами. Но Патриарх сказал им: «Да будут благословенны те, которые идут освобождать Москву, а вы, окаянные изменники, будьте прокляты». Тогда начался мученический подвиг Святейшего Патриарха Ермогена. Его лишили человеческого питания и с издевательствами бросали в его темницу сноп овса и немного воды. 17 февраля 1612 г. Святейший Патриарх Ермоген скончался от голода. Погребли его в Чудовом мо1 настыре. Еще при жизни он успел распорядиться, чтобы в ополчение была принесена Казанская икона Божией Матери. 22 октября был освобожден Китай-город, а 26-го сдался Кремль. Но радость победителей была омрачена кончиной Патриарха. Первым в Успенский собор поспешно вошел в латах ближний его боярин — князь Хворостинин, бывший в ополчении, и взволнованно спросил: «Покажите мне могилу отца нашего! Покажите мне могилу начальника нашей славы!» И когда ему ее показали, он, припав к ней, долго и горько плакал.