В 1538 году на Вологодский край напали татары. Проникли они в Комельский лес и начали жечь монастыри. Услыхали об этом иноки Павлово-Обнорской обители, и большая часть их разбежалась. В монастыре осталось всего десять дряхлых старцев, которые или не могли уже бежать, или же не хотели оставить святого места. Сошлись они в одной келлии и всю ночь провели в молитвах и слезах. Один из старцев, Ефрем, задремал от утомления и увидел преподобного Павла. Преподобный подошел к старцу, взял его за руку и сказал: «Брат Ефрем! Вас ждет тяжкая скорбь от нечестивых варваров; тебя изрубят и еще двух с тобою, один поболеет и выздоровеет. Не скорби: эта смерть будет в жизнь вечную, а монастырь ваш хотя будет сожжен и ограблен, но выстроится еще лучше и станет богат». Все это точно исполнилось по предсказанию преподобного. Ефрем пересказал слова чудотворца своим братиям. Ночь прошла спокойно, но около полудня, когда старцы пели часы в трапезе, подъехали к монастырю конные татары. Объятые ужасом старцы начали возлагать на себя схимы и прощаться. Между тем враги были уже в монастыре. Одного старца, вышедшего из трапезы, они раздели, изранили и умертвили, отрубив ему голову. Двое скрылись в трапезе: один — под печью, другой — в трубе, а один инок прошел незамеченным среди врагов и спасся. Несколько старцев бросились в церковь и начали молиться Богу о спасении. Татары побежали за ними, сорвали с несчастных схимы и одежды, избили их, изранили и, оставив еле живыми, бросились грабить келлии. Старец Ефрем был изранен в келлии и через 10 дней скончался; скончался и другой старец Митрофан, но келейник Ефрема Мина сверх всякой надежды выздоровел после продолжительной болезни.
Татары изрубили и изранили также и мирян, монастырских слуг, встретившихся им вблизи монастыря. Один из них чудесно исцелился от тяжких ран молитвами преподобного Павла. Зажегши монастырь, татары поехали прочь и встретили монастырского слугу Иоанна; раздели его донага, изранили до того, что Иоанн пять часов лежал без сознания; особенно тяжелы были раны на шее: она оказалась чуть не перерубленной. Придя в себя, Иоанн дополз до пустой избы, и когда лежал в ней, страдая от ран и от мороза, вдруг услышал через окно избы голос: «Встань и иди отсюда в дом свой, иначе здесь погибнешь». «Как мне идти? — спросил раненый. — Ноги поднять не могу, уже душа выходит из меня». — «Помолись Живоначальной Троице, призови на помощь Павла и приложи бумагу к ранам». «Где же мне взять бумаги?» — возразил Иоанн.
Но тотчас же увидел около себя бумагу. Он приложил ее к ранам, почувствовал облегчение и скоро заснул. Его беспокоила мысль о том, как ему, раздетому, в мороз и ветер добраться до дома, который стоял за три версты. Но благолепный старец уговаривал его не сомневаться в Божией помощи и немедленно идти домой; Иоанн с радостью и необыкновенной легкостью прошел три версты до своего дома. Но здесь силы покинули его. Долго лечился он от тяжелых ран: первоначально лежал без движения и не принимал пищи, так что домашние отчаялись в его выздоровлении, но Иоанн не переставал молиться своему заступнику преподобному Павлу о своем исцелении. И вот он увидел перед собою того же старца, который являлся ему в пустой избе. Старец подошел с ножом к его постели, разрезал живот больного, вынул оттуда внутренности и, очистив их ножом, снова вложил на место. Иоанн в страхе воскликнул: «Отче, я просил, чтобы ты исцелил меня, а ты изрезал мою утробу». «Я не утробу твою режу, — тихо отвечал чудотворец, — а только отнимаю болезнь». И тотчас вышел. После этого Иоанн почувствовал себя совершенно здоровым.
В Вологде жили два брата. Один из них заболел. У него начала сохнуть рука, и он принужден был слечь в постель. Ослабел он до того, что не принимал пищи и три дня не мог произнести ни слова. Тогда он вспомнил о преподобном Павле, обратился к нему с мольбою о выздоровлении и дал обет принять пострижение, если поправиться. Один, со своей мысленной молитвой, пребывал больной в комнате. Вдруг он видит возле себя глубокого старца с большой седой бородой. Старец склоняется над больным и с силою жмет его бок пальцем. Больной чувствует, что не спит, что перед ним действительно старец, который быстро стал удаляться из комнаты. Больной начал звать брата: «Григорий, кто это к нам приходил? Зачем ты не предупредил меня? Хоть бы благословение я принял у старца!» Брат был удивлен, что больной, молчавший три дня, заговорил; объяснил ему, что к нему никто не входил. Больной стоял на своем; вдруг он заявляет, что чувствует себя лучше и просит есть. Скоро он совсем поправился, только рука оставалась сухой и в повязке.
Вспомнив о своем обете, болевший рассказывает обо всем брату, и оба они отправляются в монастырь преподобного. Едва завидели они главы храма Живоначальной Троицы, сухорукий со слезами воззвал: «О, преподобне отче Павле, сподоби мя видеть монастырь свой». И вдруг он почувствовал зуд в больной руке. Снял повязку, а за нею с больной руки, как чешуя, спала сухая кожа, и рука стала совсем здоровой.