Клопский игумен Феодосий достиг преклонного возраста. За три недели перед его смертью из обители пропал ручной олень. Одновременно с тем никем не замеченный скрылся и блаженный Михаил. Феодосий скончался в отсутствие его. На похороны ждали владыку, но он не приехал, а послал вместо себя в обитель игуменов и священников с диаконами. После торжественного отпевания, когда гроб несли уже в могилу, вдруг все увидели, что блаженный возвращается, а за ним идет олень, как привязанный; в руках у блаженного мох; олень за этим мхом и тянется. Дивились тому видевшие и разошлись, не уразумевши, что это значит.
Блаженный же Михаил, предчувствуя и свое близкое отшествие, перестал ходить на свое обычное место в церкви и во время богослужения стоял близ Феодосиевой могилы, с правой стороны церкви снаружи. Его спрашивали, зачем он тут стоит, и он отвечал: «Тут полежать хочу, тут мое и место».
5 декабря блаженный совсем разболелся и не вставал. Прошло уже 44 года пребывания его в обители. По своему обычаю он говел каждый месяц, причащался и во время своей болезни. Братия навещали его и видели, что больной угасает, но не замечали в нем никакого сожаления о жизни. Скорее он подобен был путнику, который из долгого странствования с радостью возвращался на родину. 10 января игумен предложил напутствовать больного Святыми Тайнами. Блаженный твердо ответил: «Я причащался недавно, но завтра приду в церковь и попрошу святого причастия».
И действительно, к общему удивлению, он наутро поднялся, был в церкви и там сподобился принятия Святых Таин. После обедни блаженный взял с собой кадильницу и ладан и отправился в свою келлию, а игумен с братией пошли в трапезу. Из трапезы игумен посылает больному пищу. Но посланные нашли святого уже умершим; руки сложены крестообразно, за главою курится кадильница.
Блаженный Михаил преставился 11 января, но в каком году, точно неизвестно, всего вероятнее, в 1456 году. Сообщили Новгородскому владыке, и он сам приехал на похороны. А когда весть о смерти разнеслась по Новгороду и окрестностям, то народ потек рекою по всем дорогам в Клопскую обитель. Когда подумали, где хоронить святое тело почившего, то нигде не могли выкопать ему могилы, до того земля была тверда от мороза. Вспомнили тогда о месте близ могилы Феодосиевой, где стоял блаженный; здесь земля оказалась мягкой, как летом. На этом месте после отпевания архиепископом и великим собором пресвитеров и диаконов и опустили в землю трудолюбное тело преподобного и блаженного старца Михаила.
Господь прославил чудесами Своего угодника вскоре после его кончины.
Новгородский купец Михаил Марков был почитателем блаженного Михаила при жизни его. Случилась этому купцу по торговым делам быть в Колывани. Целый год провел он за морем, счастливо вел свои дела и возвращался с нагруженным кораблем домой. На море его застигла жестокая буря. Шесть дней корабль носился по бурным волнам, много раз ему угрожала гибель; люди отчаивались в спасении. Купец вспомнил о своем благожелателе и начал молиться: «Раб Божий, блаженный Михаил Клопский, ты был моим покровителем при жизни. Помоги мне, погружаемому в пучине моря, помолись обо мне ко Господу, да спасет Он нас от потопления!»
И видит за кормою святого старца, каким знал его при жизни, благообразного, светлого лицом, с седой бородой. Старец держал корму и махал рукою. Купец был поражен видением и пал ниц, а когда поднялся, то буря унялась; корабль благополучно достиг Новгорода. С чувством искренней благодарности за оказанную помощь купец поспешил в обитель Живоначальной Троицы, молился у гроба блаженного, рассказывал всем о происшествии. Он первый украсил могилу блаженного каменными плитами и постоянно возвращался к ней, не переставая прославлять Бога и угодника Его Михаила.
Такое же чудесное избавление от бури подано было блаженным Михаилом князю белозерскому Василию, когда ехал он из Пскова озером Ильменем и молился святому о помощи.
Новгородцы возвращались в лодке из обители преподобного Ефрема Перекомского. С ними был священник Феодор. Когда проезжали они рекой Веряжей близ Клопского монастыря, то захотели поклониться гробу блаженного Михаила. Воспротивился этому священник, не имевший веры к блаженному, и убедил спутников ехать мимо. Но едва удалились они от берега, как поднялась буря и путешественники начали тонуть. Они подняли крик и призывали на помощь блаженного Михаила, горько оплакивая свое малодушие. Молитва их была услышана. Монастырские люди вышли к ним на помощь и доставили в монастырь. Священник был в совершенно исступленном состоянии. Пошли ко гробу блаженного и молились об исцелении болящего спутника, а его держали у раки святого. Когда в церкви молебен о болящем окончился, священник пришел в сознание и со слезами припал сам ко гробу, исповедуя грехи свои и свое неверие. «Если бы ты, святой, не помог мне, — взывал раскаявшийся, — душа моя во ад вселилась бы».
Все прославили Бога и с радостью возвратились в дома свои.