Со времени погребения преподобного прошло более двухсот лет. Многочисленные чудеса, совершавшиеся по молитвам угодника Божия, издавна соделали имя его святым, почему и церковная служба ему отправлялась как признанному святому. Но огласить найденное в 1796 году нетленное тело подлинными мощами преподобного Феодосия без нарочитого и обстоятельного исследования признано было со стороны церковной власти несвоевременным. Поэтому в течение двух лет найденное тело оставалось недоступным богомольцам, но подвергалась троекратному освидетельствованию духовными лицами епископов и пресвитеров по особым назначениям Святейшего Синода, а заявление о чудесах, в течение этого времени бывших в обители преподобного, подлежали строгой проверке. Наконец Святейший Синод, приняв в уважение троекратное свидетельство мощей, многочисленные исцеления, от них последовавшие, всеобщее возрастающее к ним усердие народа, а также святое и богоугодное житие преподобного, определил: обретенное в 1796 году в Тотемском Спасо-Суморином монастыре нетленное тело огласить за совершенные преподобного Феодосия, Тотемского чудотворца, святые мощи, с празднованием по прежнему тамошнему установлению.
Императора Павел I по сему поводу 28 сентября 1798 г. писал: «Утверждаясь на донесении, полученном Нами от Святейшего Синода о явлении чудотворных мощей Вологодской епархии, в Тотемском Спасо-Суморине монастыре, преподобного Феодосия Тотемского, ознаменовавшихся благодатью в исцелении недуг с твердым усердием к ним прибегающих, приемлем Мы явление святых мощей знаком отличного благословения Господня на царство Наше и, воссылая за то наше теплое моление и благодарение Благодетелю в вышних, препоручаем Святейшему Синоду учинить о сем знаменитом явлении оглашение повсеместное в государстве Нашем по обрядам и преданиям Церкви и святых отец». Таковое оглашение произведено было печатными указами Святейшего Синода от 30 сентября.
В Тотьме, по получении указа Святейшего Синода, была снята деревянная часовня над гробом преподобного, но самый гроб еще не был открыт. Для чествования на него был возложен образ преподобного Феодосия. Но вот 28 декабря прибыл в монастырь епархиальный епископ Арсений, осмотрел еще раз святые мощи и позаботился о изготовлении богато украшенной кипарисовой раки, куда 31 декабря и был поставлен гроб с нетленными останками преподобного. Лицо его было покрыто схимой, а для прикладывания оставлено отверстие над правой рукой. Новый 1799 год начался для Тотьмы светлым праздником в честь преподобного Феодосия перед открытыми его святыми мощами. Ныне эти мощи почивают в каменном главном Вознесенском храме под аркой, открытой в северный придел, посвященный преподобному Феодосию. Чудесные исцеления, начавшиеся при гробе прп. Феодосия вскоре за его кончиною, во множестве происходившие в дни обретения мощей его, продолжаются и доныне.
В монастырской книге записано 146 чудес, совершенных прп. Феодосием, и записывать последующие чудотворения уже давно перестали.
Из жития преподобного Ефрема известно, что он вместе со своими братьями — преподобным Моисеем Угрином († ок. 1043; память 26 июля/8 августа) и святым Георгием Угрином — переселился на Русь из Венгрии. Все трое поступили на службу конюшими к святому князю Борису (память 2/15 мая и 24 июля/6 августа), сыну святого равноапостольного Владимира. Святой страстотерпец князь Борис был умерщвлен на реке Альте по приказанию князя Святополка Окаянного в 1015 году. Вместе с ним принял смерть от руки убийцы и верный его слуга Георгий Угрин. Убийцы отрезали ему голову, чтобы снять золотую гривну, которую он носил на шее. Преподобному Моисею удалось спастись бегством, и он, впоследствии приняв монашество, поступил в Киево-Печерский монастырь. Прп. Ефрем горько плакал, прибыв на место убийства. Он нашел отсеченную главу своего брата Георгия и взял ее с собою. 28 января 1053 года прп. Ефрем отошел ко Господу. Тело его с подобающей честью, под пение скорбных псалмов было погребено в основанной им обители. И согласно завещанию преподобного, честная глава брата Георгия была положена в одну с ним гробницу.