Преподобный направился в обитель Пахомия близ озера Кено, не взяв с собой даже другой смены одежды. Верст за пять до обители его застигла ночь. Святой стал усердно просить Господа, чтобы Он указал ему путь, и после молитвы заснул. Во сне явился ему благолепный муж в светлых ризах, с крестом в руках и сказал: «Возьми крест свой и не бойся вступить на подвиг твой. Подвизайся и не страшись козней диавольских, ибо ты будешь муж желаний духовных и явишься наставником множества иноков». Осенив его крестом, дивный муж сказал еще: «Сим побеждай лукавых духов».
Святой тотчас же пробудился. Сердце его было исполнено духовной радости. Всю остальную ночь он провел в молитве. Наутро, войдя в обитель прп. Пахомия, он припал к ногам благочестивого основателя и начальника Кенской обители и с великим смирением просился в число иноков. Пахомий указывал на трудность иноческой жизни, говорил, что обитель его недавно основана, но ничто не могло удержать избранника Божия. Прозревая в пришедшем будущего подвижника, Пахомий принял Андрея в число иноков и облек в иноческие одежды, причем нарек его Антонием в честь прп. Антония Великого (память 17/30 января). Это произошло в 1508 году, когда прп. Антонию было 30 лет. Сам Пахомий стал руководить новоначальным иноком, взяв его в свою келлию. Новый инок прежде всех являлся в храм Божий, постоянно хранил в своем сердце память о Страшном суде и о будущем нелицеприятном возмездии. Отличаясь крепким здоровьем, он охотно исполнял самые трудные работы, занимался земледелием, трудился на поварне, усердно работая на братию. Телесным трудом преподобный умерщвлял свою плоть и тем очищал свою душу. Сильно он боролся с наваждениями злых духов и всегда побеждал их. Спал он крайне мало, соблюдал строгий пост, пищу вкушал через день и то помалу. За такую подвижническую жизнь вся братия относились к нему с любовью и уважением. Но великий своим смирением, святой Антоний тяготился людской похвалой. В то время в обители не стало иеромонаха. Преподобный Пахомий и вся братия просили Антония принять на себя сан священства. Уступая их просьбам, он отправился в Новгород к архиепископу и принял от него священный сан. Возвратившись в обитель, подвижник начал вести еще более строгую жизнь. В монастыре была больница. В свободное от богослужение время прп. Антоний ухаживал за больными: сам готовил для них воду, омывал болящих, стирал их одежды, ободрял и утешал свои словом. Так он подготавливал себя к будущим подвигам. Любя уединение, преподобный просил Пахомия благословить его на этот подвиг. И Пахомий благословил его, видя его добродетели и труды.
Преподобный отправился искать себе пустынное место для подвигов. Его сопровождали два благочестивых инока Кенской обители Александр и Иоаким. Из Кенской обители прп. Антоний со спутниками своими поплыл по реке Онеге до речки Шелексны. Поднимаясь по течению этой реки лесами и непроходимыми дебрями, иноки пришли на реку Емцу, в которую Шелексна впадает, к порогу, называемому Темная Стремнина. Место это понравилось отшельникам, они поставили здесь хижину, а через несколько времени построили небольшой храм во имя святителя и чудотворца Николая и келлии. К трем подвижникам присоединилось еще четверо иноков: Исаия, Елисей, Александр и Иона. Место, избранное преподобным Антонием, было покрыто густым лесом и расположено вдали от человеческих жилищ. Безмолвие тихой пустыни нарушалось только горячими молитвами иноков да пением птиц. Сурова была природа, суровы были и подвиги иноков. Только Господу Богу и самим подвижникам было известно, сколько лишений они претерпели в это время. Семь лет провел святой Антоний со своими сожителями, постоянно молясь и трудясь. Но враг рода человеческого не мог больше сносить их благочестия. Он внушил жителям соседней деревни Скороботовой мысль, что с основанием обители земля их будет взята у них преподобным. Жители восстали против отшельников и изгнали их. Преподобный Антоний кротко удалился со своими учениками из того места и направился еще дальше на север. Снова начались странствования иноков по лесам и болотам.