Высокопреосвященный Николай, в миру Иоанн Димитриевич Касаткин, родился 1 августа 1836 года в селе Березе Бельского уезда, Смоленской губернии. Родители его были духовного звания. Тяжелую жизненную школу пришлось пройти юному Иоанну. Жизнь духовенства в то время протекала в крайней бедности, а школьные годы проходили в тяжелой бурсе, среди холода и голода. Но Иоанн, с детства отличавшийся прекрасными умственными способностями и живым и веселым характером, в 1856 году блестяще окончил семинарию и был принят на казенный счет в Петербургскую духовную академию. Здесь на четвертом курсе совершенно случайно попалось ему на глаза приглашение к студентам занять место настоятеля домовой церкви при русском консульстве в Хакодатэ, в Японии. Прочитав это приглашение и не обратив на него внимания, Иоанн Димитриевич отправился ко всенощной. И во время службы, в храме Божием, совершенно неожиданно явилась и окрепла в нем мысль отправиться в Японию для проповеди христианства. Он подает соответствующее прошение, и 8 июня 1860 года состоялось его назначение в Хакодатэ. И вот только что отпраздновавший окончание академического курса и еще недавно веселившийся на свадьбе у своих родственников, он вдруг превращается в инока-миссионера. 24 июня 1860 г. он был пострижен в монашество с наречением имени Николая, 29-го рукоположен в иеродиакона и 30-го — в иеромонаха.
Вскоре после этого о. Николай отправился в Японию через Сибирь.
В г. Николаевске ему пришлось провести зиму. Тут он свиделся с миссионером архиепископом Иннокентием (впоследствии митрополитом Московским), который ласково принял его, дал ему много полезных советов, сам скроил ему рясу и в виде благословения возложил на него бронзовый крест за Севастопольскую кампанию.
2 июля 1861 года иеромонах Николай прибыл в Хакодатэ. Но начать миссионерскую деятельность молодому иноку было чрезвычайно трудно. Япония тогда только что была открыта для иностранцев; японцы их ненавидели, бросали в них камнями, а то даже рубили саблями, если представлялась к тому возможность. Исповедание христианской религии было запрещено под страхом смертной казни. Вот как о том времени говорит сам святитель: «Тогда я был молод и не лишен воображения, которое рисовало мне толпы отовсюду стекающихся слушателей, а затем и последователей слова Божия, раз это последнее раздастся Японской стране. Каково же было мое разочарование, когда я по прибытии в Японию встретил совершенно противоположное тому, о чем мечтал! Тогдашние японцы смотрели на иностранцев как на зверей, а на христианство — как на злодейскую секту, к которой могут принадлежать только отъявленные злодеи и чародеи».