Самым же скорбным и тяжелым временем для святителя Николая было время русско-японской войны. Вражда против Православия была в то время страшно велика. Вот как говорили о Православной Церкви: «Православная Церковь является злостным местом, откуда сыплются проклятия на голову Японии и где молятся за ее поражение. Она всегда была центральным агентством шпионов, состоящих на русской службе. Японцам ненавистен купол русского собора, который, возвышаясь над всем городом, как бы шлет презрение самому императорскому дворцу, ненавистен храмовой колокол, который каждое воскресное утро своим гвалтом докучает мирному сну жителей». С ожесточением нападали на самые христианские таинства. Ненавидели всякое проявление Православия. Трудно было в то время святителю Николаю. И ему и его делу грозила страшная опасность. Но не это главным образом угнетало его. Удручало же его то, что во все время войны он был лишен великого утешения принимать участие в церковном богослужении. Святитель не бросил своей паствы в минуты великой опасности, он не вернулся в Россию, он остался там, где был, но сердце его болело за свою родину. По объявлению военных действий, он говорил представителям своей Церкви: «Сегодня по обычаю я служу в соборе, но отныне впредь я уже не буду принимать более участия в общественных богослужениях нашей Церкви. Это не потому, что для меня будет опасно показываться в соборе, но доселе я молился за процветание и мир Японской империи. Ныне же, раз война объявлена между Японией и моей родиной, я, как русский подданный, не могу молиться за победу Японии над моим собственным отечеством. Я также имею обязательства к своей родине, и именно поэтому буду счастлив видеть, что вы исполняете долг в отношении к своей стране». По всем же церквам Японии святитель разослал следующее Окружное письмо: «Благочестивым христианам Святой Православной Церкви великой Японии. Возлюбленные о Господе братия и сестры! Господу угодно было допустить разрыв между Россией и Японией. Да будет Его святая воля. Будем верить, что это допущено для благих целей и приведет к благому концу, потому что воля Божия всегда благая и премудрая. Итак, братия и сестры, исполните все, что требует от вас в этих обстоятельствах долг верноподданных. Молите Бога, чтобы Он даровал победу вашему императорскому войску, благодарите Бога за дарованные победы, жертвуйте на военные нужды; кому придется идти в сражения, не щадя своей жизни, сражайтесь не из ненависти к врагу, а из любви к вашим соотечественникам, помня слова Спасителя:
Такое поведение святителя много содействовало успокоению японских умов, предотвратило много нежелательных и печальных явлений. Во время войны святитель принял все меры к тому, чтобы облегчить тяжелую участь пленных русских. По его мысли из православных японцев было образовано товарищество духовного утешения военнопленных. Во все места, где проживали военнопленные, им были посланы японцы-священники, кои совершали богослужение, напутствовали умирающих и больных и погребали усопших. Материально и духовно помогал он им, тратя подчас последние гроши своих скудных средств. На местах, где были погребены останки наших воинов, святитель соорудил храмы или памятники.