9 января 1592 года святой Ермоген писал патриарху Иову, что в Казани доселе не совершается особого поминовения православных воевод и воинов, умерших на поле брани под Казанью и в пределах Казанских, «на костях которых встала христианская и русская Казань». Митрополит просил установить для их поминовения определенный день, чтобы по всей Казанской митрополии петь по них панихиды и служить обедни. Вместе с тем святой Ермоген писал патриарху о забытых тех мучениках, приявших в Казани смерть за исповедание имени Христова. Святитель собирал о них сведения путем чтения записей, существовавших до него в Казани, и путем опроса достоверных лиц; из этих мучеников один — Иоанн — был русский из Нижнего Новгорода, взятый в плен татарами, а двое — Стефан и Петр — из новообращенных татар. Святитель Ермоген скорбел, что эти мученики не вписаны в синодик, который читается в неделю Православия, и им не поется вечная память. Вскоре от патриарха Иова получена была святым Ермогеном ответная грамота. В ней патриарх благословлял по всем православным воинам, убитым под Казанью и в ее пределах, совершать панихиду по всей Казанской митрополии в первый субботний день после Покрова Пресвятой Богородицы и вписать их в большой синодик, читаемый в неделю Православия; в этот синодик патриарх приказал вписать и имена трех Казанских мучеников; день же поминовения их патриарх предоставил назначить самому митрополиту Ермогену. Объявляя патриарший указ по епархии, святитель Ермоген от себя лично предписал, чтобы литургии и панихиды по Казанским мученикам по всем церквям совершались 24 января — в день мученической кончины Иоанна.
В 1592 году митрополит Ермоген принимает деятельное участие в прославлении памяти своего учителя и просветителя Казани архиепископа Казанского Германа, который был силою взят (в 1566 г.) на московский митрополичий престол, потом навлек на себя несправедливый гнев Иоанна Васильевича Грозного и по его приказанию изгнан из митрополичьих палат: святой Герман скончался в Москве 6 ноября 1567 года во время моровой язвы и «погребен в чину святительском» у храма святого Николая Мокрого. Жители города Свияжска, в котором святой Герман подвизался до возведения в святительский сан и основал славный миссионерской деятельностью Успенский Богородичный монастырь, просили царя Феодора Иоанновича и патриарха Иова дозволить им перенести мощи архипастыря в свой город. Это ходатайство перед властями усиленно поддерживал святой Ермоген. Разрешение было дано, и по благословению патриарха митрополит Ермоген встречал мощи святого Германа в Свияжске, видел и осязал их, а затем «честно» предал погребению в Успенском монастыре. В 1595 году, во время перестройки Казанского Спасо-Преображенского монастыря, при копании рвов для закладки нового каменного храма обнаружены были гробы святителей Казанских: Гурия, первого архиепископа Казани, и Варсонофия. Придя со всем освященным собором, митрополит Ермоген открыл сначала гроб святого Гурия, а потом — святого Варсонофия: тела угодников Божиих оказались нетленными. Святитель Ермоген переложил мощи в ковчеги и поставил над землей для поклонения. При обретении мощей святых Гурия и Варсонофия митрополитом Ермогеном обретены были и потом снова преданы земле останки учеников святого Гурия иноков Ионы и Нектария, в миру бояр из фамилии Застолбских. По приказанию царя и благословению патриарха митрополитом Ермогеном было составлено житие Гурия и Варсонофия, Казанских чудотворцев. Вероятно, тогда же святым Ермогеном составлена и служба на обретение мощей.
Останавливая для назидания внимание паствы на славных лицах и событиях из недавнего прошлого в церковной жизни Казанского края, митрополит Ермоген усиленно строил храмы. Этим удовлетворял он острую нужду в храмах, которых было очень мало в недавно завоеванном крае, и сверх того стремился показать пасомым наглядным, осязательным образом силу и величие Православия.