При обители прп. Кирилла проживала добродетельная инокиня Марфа, которая исполняла различные монастырские службы. В течение многолетней жизни при монастыре ей пришлось слышать и видеть много чудес, совершенных святым угодником. И вот какое чудо рассказала она жизнеописателю преподобного Кирилла.
В Челмогорскую обитель пожертвовали коня. Вскоре конь пропал. Много искали его, но нигде не могли найти. Прошло сорок дней, уже потеряли всякую надежду найти его и решили, что конь или украден злыми людьми, или съеден зверями. Вдруг в одну субботу вечером, когда совершалось всенощное бдение, Марфа, работавшая в это время на скотном дворе, увидела, что пропавший конь возвращается на монастырский двор, а следом за ним идет инок в багровидной одежде. Когда конь подошел к воротам, старец отворил их и впустил его, а сам пошел к монастырю. Когда окончилась служба, иеромонах Мисаил пришел на скотный двор. Увидев коня, он удивился, потом спросил Марфу, кто привел его. Она же отвечала: «Я думала, что ты, отче, пригнал его воротам, а сам направился к монастырю». Тогда Мисаил догадался, что это сделал прп. Кирилл, пошел в церковь и воздал благодарение Богу у гроба преподобного за то, что Он даровал обители заступника и молитвенника и дивного хранителя не только людей, но и скотов.
Крестьянин Иоанн Шмыгин, живший в Каргопольской волости, по наущению диавола возымел злое намерение обокрасть церковь Челмогорской обители и похитить казну монастырскую. Он выждал удобное время и направился к обители, которая находилась в сорока верстах от его села. Немного не доходя до монастыря, злоумышленник скрылся в лесной чаще, чтобы дождаться ночи. Наступила ночь, и он вдруг увидел инока в багровидной одежде, идущего прямо к нему. Старец подошел к Иоанну и остановился. Видя, что нельзя скрыться, крестьянин почувствовал великий страх. Старец же сказал ему: «Иоанн! Зачем ты замыслил это? Зачем дерзаешь на церкви обители моей? Удержись от такого дела и покайся в своем согрешении. Знай, что ни татие, ни хищницы Царствия Божия не наследуют. Если же ты не оставишь своего намерения, погибнешь лютой смертью на земле и в будущем веке примешь муку вечную». Сказав это, инок стал невидим. Иоанн понял, что перед ним был сам преподобный. Одержимый великим страхом, он возвратился обратно и рассказал о бывшем ему явлении чудотворца.
Один человек из города Каргополя, неизвестный по имени, долгое время был болен желудочной болезнью. Желая получить исцеление, он пришел в Челмогорскую обитель. В это время шла вечерня. Но больной не пошел в храм к гробу преподобного, а направился прямо на ночлег, где и расположился вместе с другими богомольцами. Когда все уснули и он забылся тонким сном, явился ему светолепный инок с жезлом в руке и сказал: «Разве ты не знаешь, что кто приходит к врачу и прогневляет его, тот не получает исцеления. А ты, неразумный, идешь прежде на ночлег, а не в церковь Божию». При этих словах инок ударил его своим жезлом. Больной вскочил и, крича от страха, стал наносить удары спящим богомольцам. Испуганные богомольцы стали говорить ему: «Что случилось с тобой?» Он же рассказал им все, что было с ним в видении. На другой день больной пошел в церковь ко гробу чудотворца и здесь по совершении молебна преподобному Кириллу получил исцеление от своей болезни.
Один раз в сухое летнее время после службы в Богоявленской церкви забыли загасить горящую свечу на паникадиле. Прошло три дня, и когда монастырский екклесиарх вошел в храм, то он увидел следующее. От горящей свечи, упавшей на гробницу прп. Кирилла, затлелся верхний покров. На нем выгорел шелковый крест, нашитый на ткань покрова, истлела и ткань, но далее огонь не распространился, хотя под сгоревшим покровом было еще два. Так Господь спас от огня обитель и гроб прп. Кирилла.