По обретении святые мощи положены были с подобающим молитвословием в новую каменную гробницу, которая и поставлена была в строящемся храме близ северных дверей для народного поклонения. После сооружения новой раки 1 июля 1472 года состоялось торжественное перенесение в нее честных мощей святого Петра в присутствии митрополита, епископов, великого князя, других князей, бояр и множества народа.
Но невозможно было оставить без прикрытия святые мощи среди строящегося храма, и поэтому великий князь повелел на месте будущего алтаря построить временный деревянный храм во имя Успения Пресвятой Богородицы, приградивши к нему и гроб святого чудотворца Петра.
Когда кладка собора, строившегося неискусными русскими мастерами, приближалась к концу, в мае 1474 года часть стен собора, его своды и столбы обрушились. Засыпало при этом и гроб святого Петра, однако нисколько не повредило его. Приходилось начинать постройку снова, и мощи святителя перенесли на время в церковь преподобного Иоанна Лествичника, что под колокольней. То было 16 апреля 1475 года. Здесь они стояли четыре года в продолжение этой, третьей по счету, постройки Успенского собора, производившейся итальянским архитектором Аристотелем Фиоравенти. 24 августа 1479 года мощи святого основателя Успенского собора снова перенесены в собор и положены на месте его погребения, на том самом месте, где находятся и ныне — между северным предалтарием главного престола и приделом святых апостолов Петра и Павла.
Святой Петр издавна почитается защитником Русской земли. Вот какими словами, по сказанию летописи, молился перед его мощами Иоанн Васильевич IV со своим братом князем Георгием: «Ныне пришла на нас великая беда от басурман и тебе подобает о нас молиться. Тебя, как светлую свечу, Бог зажег нам и поставил на свещнице. Тебя Бог даровал крепкого стража роду нашему и всему православному христианству. Не оставь же нас во время скорби нашей, помоли о нас Бога и о всем роде христианском, да избавит нас от поганых».
В шести верстах от Хлынова, в деревне Корякинской, жил крестьянин Максим Плушков. Он и жена его Ирина были люди благочестивые и богобоязненные, почтительные к духовному сану, милостивые к бедным. Не имея детей, Максим и Ирина усердно просили их у Господа, и Он услышал их молитвы: в 1578 году у них родился сын, которому во святом крещении нарекли имя Прокопий. С раннего возраста Прокопий отличался благочестием и усердно помогал своим родителям в их сельских работах. Когда отроку было 12 лет от роду, отец послал его один раз в поле на работу. Вдруг поднялась страшная буря. От грома и страшной молнии Прокопий упал с лошади на землю и лежал как мертвый. Увидели его бесчувственного соседи и известили родителей. Максим и Ирина сильно скорбели о своем единственном сыне. Когда с плачем принесли они его к себе в дом, сюда собрались родные и соседи. Родители Прокопия стали молиться Господу, призывая на помощь Пресвятую Богородицу и святого Николая угодника. В то время Прокопий как бы пробудился от сна, опомнился. Он вернулся к жизни, но с того времени находился в исступлении, раздирал на себе одежду и бросал ее на землю, ходил нагим. Тогда родители привезли больного отрока в Вятскую обитель Успения Пресвятой Богоматери. В то время архимандритом монастыря был его основатель прп. Трифон (память 8/21 октября). Родители усердно молились Господу и Пречистой Его Матери за своего сына, призывали на помощь святителя Николая и прп. Сергия Радонежского. Припав к ногам преподобного Трифона, они просили его помолиться об исцелении и вразумлении Прокопия. Отслужив молебен, прп. Трифон окропил больного святой водой, и он стал здоровым. С радостью возвратились его родители в свой дом, прославляя Господа и Его угодника преподобного Трифона.
После исцеления Прокопий жил, как и до болезни, со своими родителями и во всем повиновался им.