После возвращения на остров он построил два храма: во имя Святой Троицы во имя святителя и чудотворца Николая — покровителя мореплавателей и землепроходцев. Затем святой построил келлии и приготовил все необходимое для обители иноков. Троицкий Николо-Климецкий монастырь был основан около 1520 года. Так преподобный исполнил завет Господа. Из бедного Нятинского монастыря, расположенного в трех верстах от новой обители, пришли братия. К ним присоединились иноки из других мест, желавшие безмолвия и уединения. Митрополит Московский Варлаам (1511–1512) благословил для храмов обители антиминсы и хотел поставил святого Иону настоятелем, но тот по смирению отказался. Преподобный Иона уговорил новгородского иеромонаха Тихона принять настоятельство, а сам подвизался как простой инок.
Преподобный Иона мирно скончался 6 июня 1534 года и был погребен у храма во имя святителя Николая. Над нетленными мощами святого впоследствии была построена часовня, а в царствование Елизаветы Петровны (1741–1761) — каменный храм во имя праведных Захарии и Елисаветы.
Святитель Иона, епископ Великопермский, был пятым епископом Пермским. После кончины великого просветителя Пермского края святителя Стефана († 1396; память 26 апреля/ 9 мая) его преемником стал епископ Исаакий, проводивший большую часть своего времени в Москве и недолго находившийся на Пермской кафедре.
Апостольские труды святителя Стефана продолжили святители Герасим († 1441; память 24 апреля/7 мая) и Питирим († 1455; память 19 августа/1 сентября); оба приняли мученическую смерть, исполняя свой архипастырский долг.
Вскоре после убиения отрядом вогульского князя Асыки святителя Питирима митрополит Московский и всея Руси чудотворец Иона († 1461; память 31 марта/13 апреля и 15/28 июня) рукоположил соименного ему благочестивого инока в епископский сан. В 1455 году епископ Иона прибыл в Усть-Вымь — главное селение обращенных в христианство зырян, где еще в 1383 году святым Стефаном была учреждена кафедра при построенном им храме в честь Благовещения Пресвятой Богородицы.
Принимая место, обагренное кровью двух его предшественников, святитель Иона безусловно понимал, какие трудности он встретит на своем архипастырском пути. Время междоусобиц уже проходило, и великий князь Василий Васильевич Темный еще в Москве обещал святителю защиту и покровительство. Присланная им сильная московская рать за 1458–1459 гг. установила в Пермских пределах относительное спокойствие, усмирив при этом вятскую вольницу, принимавшую участие в грабежах поселений зырян и убийстве святителя Питирима. В случае же набегов полудиких племен вогулов (или вогуличей) Новгород и Устюг были обязаны по первому требованию Пермского епископа оказывать ему военную помощь.
Заручившись такой поддержкой, святитель Иона смог все свои силы направить на укрепление Пермской Церкви. Главным делом жизни святителя стало дальнейшее просвещение наиболее упорно державшихся верований небольших, но очень воинственных народностей Великой Перми — остяков и вогулов. Являясь соседями уже крестившихся зырян, они врывались в их поселения, грабя и принуждая жителей отказываться от истинной веры.
Подобно первосвятителю Пермскому Стефану, святитель Иона встретил на своем пути немало лишений, опасностей и гонений. Неутомимо боролся он с влиянием волхвов и жрецов на простодушный народ, поклонявшийся языческому истукану — Золотой бабе.
В 1462 году епископ Иона был вызван на прения о вере, которые проходили в Уросе, владении пермских языческих князьков. Одержав убедительную победу над главными пермскими волхвами, святитель сумел зажечь светом Христовой истины сердце одного из наиболее влиятельных в тех местах князей (по некоторым сведениям, сына того самого Асыки, от руки которого принял кончину святитель Питирим).
С помощью этого князя, нареченного во святом крещении Михаилом, епископ Иона приступил к искоренению языческих кумирниц и идолов. За 1462–1463 годы проповедью слова Божия епископ Иона окончательно обратил в христианство народы Великой Перми, которую он, по выражению летописца, «добавне крести».
На местах идольских капищ, куда народ привык стекаться для жертвоприношений, святитель строил храмы и открывал при них школы для обучения детей. Из Усть-Выми им были вызваны опытные и знавшие местные обычаи священники, способные продолжить дело просвещения новообращенной паствы. Деятельную помощь Пермскому епископу оказали иноки Троицкой Печорской пустыни. Долгое время они выполнял обязанности приходских священников для христиан, живших на реке Печоре. В главном поселении Перми Чердыни епископ Иона основал монастырь во имя святого апостола Иоанна Богослова, на устройство которого так же, как и на строительство храмов, щедрые пожертвования делали жители Устюга и Новгорода.
В 1468 году Пермские земли пострадали от набега казанских татар. Святитель Иона, не щадя своих сил, старался помочь пострадавшим.