Успешная архипастырская деятельность святителя Ионы укрепила его авторитет среди иерархов Русской Православной Церкви. В 1459 году он был призван в Москву, где принял участие в Соборе, в частности, в составлении послания литовским епископам о хранении верности Православию. Об уважении и доверии, каким Пермский епископ пользовался у тезоименитого митрополита Московского Ионы, свидетельствует прочтение духовного завещания почившего в 1461 году первосвятителя собравшимся в Москве архиереям епископом Ионой.
За несколько лет до блаженной кончины, предчувствуя ее близость, святитель Иона стремился побывать в каждом, даже самом отдаленном месте своей епархии, чтобы словом назидания укрепить новообращенных в христианской вере, предостеречь их от опасности возвращения к языческим привычкам и обычаям.
Пятнадцать лет длилось святительское служение в Пермской земле. 6 июня 1470 года он мирно отошел ко Господу.
По свидетельству летописца, «положено бысть святое тело его на Усть-Выми, в его епископии, близ мощей святых в церкви (Благовещения Пресвятой Богородицы), по левую сторону Герасима и Питирима, епископов Усть-Вымских, чудотворцев, идеже все три вкупе почивают и чудеса творят и исцеления различные подают с верою приходящим». Общая память трем святителям (кроме памяти, совершаемой в день кончины каждого) установлена 29 января 1607 года Соборным определением при Святейшем Патриархе Гермогене и царе Василии Иоанновиче Шуйском.
Преподобный Паисий Угличский родился в селе Богородском, неподалеку от города Кашина, в Нерехотском стану. Его отец, Иоанн Гавренев, служил у князя угличского Андрея Васильевича, сына великого князя Василия Темного. Ксения, мать преподобного Паисия, была дочерью полководца Василия Ананьевича Кожи и родной сестрой преподобного Макария Калязинского († 1483; память 17/30 марта).
Мальчик, названный в святом крещении Павлом, был рано обучен грамоте и уже в детстве много читал. Часто он бывал с родителями в Калязинском монастыре у своего дяди, где проникся любовью к иноческой жизни. В десятилетнем возрасте Павел осиротел и был взят на воспитание в Троицкую Калязинскую обитель. Вскоре настоятель обители преподобный Макарий, уступая настойчивым просьбам своего племянника, которому не исполнилось еще одиннадцати лет, постриг его в иночество с именем Паисий. Под руководством опытного дяди, в тишине обители юный инок рос по духу, не тревожимый опасными волнениями и советами мира; с юных лет научился он подвигам послушания, поста и молитвы. В монастыре ему было поручено переписывание священных книг. Известно, что в начале XX века в Калязинском Троицком монастыре хранились творения святителя Григория Богослова, переписанные иноком Паисием.
Не засоряемый впечатлениями мирскими и очищаемый подвигами самоотречения, дух его стал способен и к созерцанию мира духовного. Раз во время ночной молитвы явился ему Ангел и сказал: «Ты должен быть наставником для многих; ты выйдешь отсюда и будешь жить там, где тебе велят: так надобно для славы Божией». Преподобный Паисий со страхом выслушал эту весть и пересказал наставнику своему прп. Макарию, но никому другому. Через некоторое время это чудесное предсказание осуществилось.
В 1476 году князь угличский Андрей Васильевич, хорошо знавший родителей преподобного Паисия, обратился с просьбой к Калязинскому игумену — отпустить инока Паисия из обители для того, чтобы под его руководством основать новый монастырь. Преподобный Макарий с радостью откликнулся на богоугодное желание князя и, благословив своего племянника и воспитанника, направил его в Углич. Князь даровал для будущего монастыря землю на левом берегу Волги, в трех верстах от Углича. Поселившись там в хижине, преподобный Паисий приступил к сооружению деревянного храма в честь Богоявления Господня. Вскоре к нему собрались десять монашествующих собратий, которые обосновались в построенных преподобным Паисием келлиях.
Архиепископ Ростовский Тихон, в епархию которого входил Углич, рукоположил преподобного Паисия в сан иеромонаха. После этого князь настойчиво просил преподобного принять игуменство. Уступив его просьбам, преподобный Паисий возглавил новоустроенный монастырь, где ввел строгий общежительный устав.
Благочестивый князь угличский Андрей Васильевич с большим уважением относился к преподобному, не раз он содействовал укреплению обители и делал щедрые вклады для ее дальнейшего благоустройства. Так, в благодарность Господу за рождение двух сыновей, Димитрия и Иоанна, восприемником которых стал преподобный Паисий, князь передал пожертвования на строительство в монастыре каменного храма. В 1479 году началось возведение нового храма. В 1482 году, после завершения работ, построенный храм был освящен в честь праздника Покрова Пресвятой Богородицы, поэтому монастырь стал называться Покровским.