В 7094 (1586) году женщина Татьяна, целое лето страдавшая глазной болезнью и ничего не видевшая, когда по своему обещанию была приведена в часовню и по совершении молебствия Всемилостивому Спасу и праведному Кириллу приложилась к его гробу, тотчас же прозрела.
Часовня, наскоро построенная при обретении мощей св. Кирилла, была мала и не могла вмещать множество приходивших богомольцев, к тому же от времени она пришла в ветхость и несколько не соответствовала тому уважению и усердию, какое народ оказывал святым мощам. Наконец, и самые мощи со времени их обретения оставались по-прежнему закрытыми, как бы под спудом, так что новые вельские священнослужители, посвященные после обретения мощей, ничего о них не знали и мощей не видели. Вследствие всего этого «в лето 7095 (1587) г., сентября 1 день, — свидетельствует краткое рукописное сказание о преподобном Кирилле и чудесах его, — на Вельском у Николы Чудотворца священнослужители, отпевшие в собором обедню, начали между собою советовать, и рече священник Феодот священнику Михаилу и дьякону Симеону: «Отпоем собором молебен в часовне преподобному Кириллу чудотворцу, где гробница стоит и его, преподобного, мощей досмотрим, есть ли он тут в гробнице во плоти или в персти его мощи, что от гроба его великое чудотворение бывает, а про его мощи неведомо, токмо единому Богу сведущу?» «Буди воля Господня», — сказали в ответ священник и дьякон, и все трое во всем сану, как служили обедню, шедше в часовню и отпев молебная, вскрыша верхнюю доску гроба и узреша мощи его (Кирилла) во плоти, ни чим же вредимы, а губу верхнюю земли отда, и образом млад, а саван и срачица яко вчера положены и не истле никакоже, а гроб его не изгни и невредим ничем же. И повелеша священницы звонити во вся колокола, и бысть радость неизреченная, и начаша священницы и весь народ от радости плакатися. И посоветовавше священницы гроб его понесоша на главах своих в церковь великаго чудотворца Николы и поставиша среди церкви и начаша пети над ним надгробная провождения со псалмы и песни и посем отпеша панихиду великую и поставиша гроб его в церкви Николы Чудотворца по страну алтаря к правой стене и освятиша весь народ покропивше и совершивше молебная Всемилостивому Спасу и Пречистей Его Матери и Николе Чудотворцу и преподобному чудотворцу Кириллу».
Из того, что священники советуются между собою, как бы не зная, что делать, но, решившись только осмотреть мощи, они вдруг переносят их в церковь, о чем не было сперва и речи; из того далее, что они действуют при этом своеобразно: начинают молебном св. Кириллу в часовне, а потом над ним же поют надгробное провождение и панихиду, — видно, что они не имели для этого никакого указания и распоряжения епархиального начальства. А по отдаленности от Новгорода и по своей простоте действовали едва ли с ведома и благословения Новгородского владыки, к епархии которого принадлежали. Но, очевидно, была на то воля Божия, и св. Кирилл как бы спешил оправдать поступок священников, ознаменовавше перенесение своих мощей новым чудом. В этот же день (1 сентября) у гроба его получил исцеление отрок Симеон, сильно страдавший болезнью чрева, от которой тогда страдали многие, а немало и умирали. Спустя после сего две недели (16 сентября) в один день последовало два чуда.
Последним в древней рукописи записано следующее чудо. Некто Созонт на Ваге выстроил себе новый дом, и «нача человеческая мудровати и часа добра прехождению своему искати». Чтобы в счастливый день перейти на новоселие, Созонт, обошедши всех знахарей, пришел за советом и к приходскому своему священнику, который и назначил ему днем новоселья субботу. Но когда Созонт перешел в новый дом, то вскоре начали хворать его домашние, а затем и сам он заболел горячкою и в течение десяти дней бредил и кричал днем и ночью не в уме. Однажды в полдень, когда больной на несколько времени пришел в сознание и стал засыпать, он увидел молодого человека, который вошел в комнату и сел в головах его постели. «Кто ты?» — спросил его Созонт. «Я Кирилл Вельский и пришел посетить тебя». Созонт со слезами стал просить св. Кирилла о помощи и избавлении от болезни. «Иди, — отвечал ему явившийся, — на Вельский погост, вели отпеть молебен Кириллу — и будешь здоров». — «Не могу идти, потому что ноги у меня опухли от болезни, да к тому же и денег нет у меня на молебен». — «Когда не можешь идти ныне, — сказал ему святой, — то ты хоть обещайся сходить помолиться Кириллу, когда будешь здоров, и ежели не имеешь денег, чтобы заплатить клирошанам за молебен, то у тебя много капустного семени, тем и заплати, а про меня расскажи всем, что ты видел». Сказавши это, юноша стал невидимым, а Созонт, пробудившись от дремоты, почувствовал себя совершенно здоровым.