Еще при жизни старца Макария, с его благословения, некоторые из братии приходили к о. Амвросию для откровения помыслов. Так старец Макарий постепенно готовил себе достойного преемника. А потому, видя своего преданнейшего ученика и сына духовного окруженным толпой и беседующим с посетителями на пользу душевную, проходя мимо, шутливо промолвит: «Посмотрите–ка, посмотрите! Амвросий–то у меня хлеб отнимает». А иногда среди разговора с близкими к случаю скажет: «Отец Амвросий вас не бросит».
В это время духовному окормлению о. Амвросия уже поручены были относившиеся к Оптинским старцам монахини Борисовой пустыни Курской губернии. И потому, когда они приезжали в Оптину, он по обязанности немедленно отправлялся к ним в гостиницу. Ходил он по благословению о. Макария и к мирским посетителям.
Когда же старец Макарий преставился (7 сентября 1860 г.), хотя он не был прямо назначен, но постепенно обстоятельства так складывались, что о. Амвросий стал на его место. Ибо по прошествии 12 лет старчествования его в зависимости от старца Макария он уже настолько был подготовлен к сему служению, что вполне мог быть и заместителем своего предшественника.
После смерти архимандрита о. Моисея настоятелем был избран о. Исаакий, который относился к о. Амвросию как к своему старцу до самой его смерти. Таким образом в Оптиной пустыни не существовало никаких трений между начальственными лицами.
Старец перешел на жительство в другой корпус, вблизи скитской ограды, с правой стороны колокольни. На западной стороне этого корпуса была сделана пристройка, называемая «хибаркой» для приема женщин. И целых 30 лет он простоял на Божественной страже, предавшись служению ближним.
Старец был уже тайно пострижен в схиму, очевидно, в тот момент, когда во время болезни жизнь его была в опасности. При нем было два келейника: о. Михаил и о. Иосиф (будущий старец). Главным письмоводителем был о. Климент (Зедергольм), сын протестантского пастора, перешедший в Православие, ученейший человек, магистр греческой словесности.
Повседневная жизнь старца Амвросия начиналась с келейного правила. Для слушания утреннего правила поначалу он вставал в 4 часа утра, звонил в звонок, на который являлись к нему келейники и прочитывали: утренние молитвы, 12 избранных псалмов и первый час, после чего он наедине пребывал в умной молитве. Затем, после краткого отдыха, старец слушал часы третий, шестой с изобразительными и, смотря по дню, канон с акафистом Спасителю или Божией Матери, которые он выслушивал стоя.
О. Амвросий не любил молиться на виду. Келейник, читавший правило, должен был стоять в другой комнате. Как–то раз читали молебный канон Богородице, и один из скитских иеромонахов решился в это время подойти к батюшке. Глаза о. Амвросия были устремлены на небо, лицо сияло радостью, яркое сияние почило на нем, так что священноинок не мог его вынести. Такие случаи, когда исполненное дивной доброты лицо старца чудесно преображалось, озаряясь благодатным светом, почти всегда происходили в утренние часы во время или после его молитвенного правила.
После молитвы и чаепития начинался трудовой день с небольшим перерывом в обеденную пору. За едой келейники продолжали задавать вопросы по поручению посетителей. Но иногда, чтобы сколько–нибудь облегчить отуманенную голову, старец приказывал прочесть себе одну или две басни Крылова. После некоторого отдыха напряженный труд возобновлялся — и так до глубокого вечера. Несмотря на крайнее обессиление и болезненность старца, день всегда заканчивался вечерними молитвенными правилами, состоявшими из малого повечерия, канона Ангелу Хранителю и вечерних молитв. От целодневных докладов келейники, то и дело приводившие к старцу и выводившие посетителей, едва держались на ногах. Сам старец временами лежал без чувств. После правила старец испрашивал прощения, елика согреши делом, словом, помышлением. Келейники принимали благословение и направлялись к выходу.
Через два года старца постигла новая болезнь. Здоровье его, и без того слабое, совсем ослабело. С тех пор он уже не мог ходить в храм Божий и должен был причащаться в келлии. И такие тяжелые ухудшения повторялись не раз.
Трудно представить себе, как он мог, будучи пригвожденным к такому страдальческому кресту, в полном изнеможении сил принимать ежедневно толпы людей и отвечать на десятки писем. На нем сбывались слова:
«Совершенно соединивший чувства свои с Богом, — говорит Лествичник, — тайно научается от него словесам Его». Это живое общение с Богом и есть дар пророческий, та необыкновенная прозорливость, которой обладал о. Амвросий. Об этом свидетельствовали тысячи его духовных чад.