Раз, когда приближался праздник Светлого Христова Воскресения, преподобный послал монастырских рыбаков ловить рыбу и, по молитвам его, улов был очень хорош. Между прочим, пойман был огромный осетр, но рыбаки скрыли его и принесли к преподобному только мелкую рыбу; разбирая рыбу своим посохом, он сказал: «Детей вы принесли, а куда девали мать?» Рыбаки пали ему в ноги, покаялись в своем грехе и принесли спрятанную рыбу.
В жизни Новгорода увековечен один случай прозорливости преподобного Варлаама. Однажды преподобному случилось быть у архиепископа Новгородского Григория (управлял епархией с 1186 по 1193 гг.), и святитель, отпуская его от себя, сказал, чтобы старец побывал у него спустя неделю. «Если Господу угодно, — отвечал преподобный, — в пятницу первой недели поста святых апостолов приеду к твоей святыне на санях».
Архиепископ удивился, что старец в летнюю пору обещается приехать на санях, но не решился потребовать объяснения этих непонятных слов. Между тем, в ночь перед указанною преподобным пятницей выпал глубокий снег, сделался сильный мороз, и подвижник, действительно, прибыл к владыке на санях. Когда же святитель начал скорбеть о том, что мороз может повредить рожь, которая тогда цвела, преподобный, утешая его, сказал: «Не скорби, но паче возблагодари Господа нашего Иисуса Христа и Пречистую Его Матерь и всех святых, что ниспослал Господь Бог на нас милость Свою. Если бы не послал Он снега и мороза, то люди погибли бы от голода: ибо за умножение грехов наших Господь попустил быть голоду. Но молитв ради Пречистой Богородицы и всех святых великих чудотворцев даровал Он снег и мороз для того, чтобы черви, в изобилии находящиеся в корню ржи, вымерли. Снег же пробудет на земле только один день, и потом, по Божию промышлению и повелению, наступит теплая погода, а снег вместо дождя напоит жаждущую землю и умножит плоды земные».
Действительно, на другой день стало тепло, снег растаял и вода напоила сухую землю, а при корнях ржи найдены были погибшие от мороза черви. И в то лето был такой урожай хлебов, какого давно не видали.
В рассказанных случаях проявился благодатный дар прозрения, которым наградил Господь угодника Своего. Но не мало и чудес творил преподобный Варлаам при жизни своей. Вот некоторые примеры его чудотворений. Один христолюбец, весьма любивший преподобного и имевший к нему горячую веру, повез к нему своего единственного сына, тяжко больного, чтобы просить святого помолиться о нем; но дорогою мальчик умер, и отец привез его мертвым в обитель. Когда же преподобный помолился о нем, ребенок, по молитве его, тотчас же воскрес. В другое время новгородские жители плыли по Волхову, и один из них, упав из лодки, был вытащен из воды уже бездыханным. Когда его принесли к Варлааму и святой помолился, утопленник мгновенно ожил.
Долго подвизался преподобный подвигом отшельничества вместе с друзьями своими. Но дар прозрения и чудеса прославили его и привлекли к нему многих желавших подвизаться с ним. Тогда он решил устроить на Хутыни обитель и заложил каменный храм в честь Преображения Господня. Храм освящен был архиепископом Григорием в праздник Преображения Господня (6 августа) 1192 года. При этом архиепископ открыл Хутынский монастырь. Преподобный Варлаам старался снабдить монастырь свой средствами к существованию и оградить его имущество от притязаний корыстных людей. Он пожертвовал обители поемный луг, рыбные ловли, село, земли, сенокосы и нивы, скот и слуг. «Если же кто, — пишет в конце своей вкладной грамоты преподобный, — по научению диавола и злых людей захочет отнять что–либо из пашен, из сенокосов или из ловлей, да будет ему противником святый Спас в сем веке и в будущем».
Создавая строения обители и его хозяйство, преподобный Варлаам не забыл и внутреннего устройства монастыря — жизни иноков. Он дал обители своей устав, который, к сожалению, не сохранился до нашего времени. По уставу, Хутынский монастырь, вероятно, был общежительным. По крайней мере известно, что преподобный Варлаам предписал монастырю расходовать остатки своих средств на благотворительность, а так предписывали все устроители общежительного монашества как в древней Восточной Церкви, так и в Церкви Русской. Заповедь преподобного Варлаама, данная обители, была следующая: «Странных с пути покоить, поить и кормить, приезжих на конях покоить всяким покоем и творить милостыню нищим. Если страннолюбия не забудете, то благодатью Божией обитель моя никогда не оскудеет».
Устроив Хутынскую обитель, преподобный почувствовал приближение своей кончины. В это время вернулся из Константинополя паломник Добрыня Ядрейкович, в монашестве Антоний, сверстник преподобного Варлаама. Рад был подвижник своему духовному брату и поручил ему монастырь свой. Преподобный говорил своему другу: «И ранее помышлял ты о сем святом месте. Ныне же я предаю его тебе: снабжай его всем и сохраняй, ибо я отхожу к Небесному Царю. Рад я, что вижу тебя. Господь же зовет меня отсюда».