Тогда грозный победитель Новгорода с гневом приказал открыть мощи угодника Божия. Но едва начали, по его приказанию, поднимать каменную доску и копать землю, как из гроба чудотворцева вырвался дым и за ним — пламень, опаливший стены храма. Великий князь в ужасе выбежал со всею своею свитою, так что выронил в монастыре и свой великокняжеский жезл, которым, в бегстве своем, ударял он бессознательно о землю.
Трудно описать все чудеса, какие совершал преподобный Варлаам. В Хутынской обители преподобный, и по блаженном преставлении своем, дивным образом являлся бдительным настоятелем, иногда очень строгим к невнимательным из братии и упорным нарушителям иноческих обетов. Чудотворец вразумлял также и начальников монастыря, не соблюдавших его заповеди о благотворительности обители. Он насылал на виновных болезни и по раскаянии исцелял их, нераскаянных же предавал смерти. Одного игумена, не кормившего в монастыре голодающий народ, он бил жезлом своим, и у виновного отнялись рука и нога. В другой раз за скупость монастырских начальников, переставших принимать странных, преподобный наказал обитель оскудением хлеба в амбарах. Казначей Тарасий, первоначально проводивший строгую жизнь, но потом начавший злоупотреблять монастырской собственностью для угощения и увеселения своих друзей, был также наказан жезлом явившимся ему преподобным Варлаамом и едва выздоровел после того, как принес слезное покаяние, а веселый собеседник его умер в расслаблении. Монастырский чашник (монах, заведующий питьями) вразумлен быть преподобным за свои излишества, но после того, как не исправился, с заздравною чашею в руке испустил дух. Зато для иноков внимательных и строгих к себе преподобный являлся милостивым. Один инок, по имени Иринарх, три года тяжко страдал от грыжи и уже готовился к смерти. В таком положении в Пасху видел он во сне преподобного, явившегося ему в одеянии пресвитера в сопровождении иеродиакона и нескольких иноков. Окадив иконы, преподобный Варлаам благословил больного и сказал: «Вот ты и здоров, брат мой; вкуси пищу», которая, действительно, вслед за тем и была принесена братиями к нему в келлию. Больной встал с одра здоровым, вкусил пищи и прославил Бога и Его угодника, преподобного Варлаама чудотворца.
Неоднократно преподобный Варлаам являлся теплым молитвенником и предстателем за родной ему Новгород, предостерегая об имеющих постигнуть его бедствиях. Вот какое чудо произошло в Хутынской обители в начале XVI века. Инок Хутынской обители Тарасий вошел ночью в Преображенский храм. И видит он, что свечи на паникадилах и подсвечниках все зажглись сами собой, храм наполнился фимиамом, из гроба поднялся преподобный Варлаам и, став посреди храма, долго молился вслух Господу Иисусу Христу, Пречистой Его Богоматери и всем святым со слезами и умилением за Новгород, дабы человеколюбивый Господь отвратил от него гнев Свой. Тарасий в ужасе пал ниц. Но преподобный, подойдя к нему, сказал: «Брат Тарасий! Господь Бог хочет погубить великий Новгород. Ступай, взойди на церковную кровлю и увидишь будущее бедствие Новгорода и что Господь хочет сделать с ним».
Тарасий пошел и увидел, что воды озера Ильменя поднялись и угрожают затопить город; в страхе побежав обратно, он рассказал, что видел. Тогда преподобный со слезами снова стал молиться Господу и Пречистой Богородице о спасении города; потом опять послал инока посмотреть на город. Тарасий во второй раз вошел на кровлю церкви и увидел множество Ангелов, бросающих огненные стрелы, как бы сильный дождь из тучи, на толпы мужчин, женщин и детей. Когда поведал он о том преподобному, тот еще раз слезно молился за Новгород. Потом сказал: «Молитвами Богородицы и всех святых избавлен Новгород от потопления, но в нем — сильный мор на людей». И опять послал Тарасия смотреть на город.
Иноку представилась огненная туча, наступающая на город. В трепете поведал он о том святому. «После мора будет пожар в Новгороде, и вся торговая сторона его сгорит, и множество людей погибнет», — сказал на это преподобный, опять лег в гроб свой, и свечи погасли.
Печальное пророчество преподобного через несколько лет, действительно, с точностью исполнилось на злополучном Новгороде, избавленном, однако же, небесным предстательством святого от грозного потопления.