Шесть лет обителью руководил вновь избранный игумен преподобный Савва Сторожевский († 1407, память 3/16 декабря). Но и сей оставил начальствование и, по просьбе звенигородского князя Юрия Димитриевича, удалился в его удел, чтобы там основать новую обитель на «Стороже». Тогда братия обители Сергиевой, как бы дав преподобному Никону отдохнуть от дел управления и насладиться вожделенным ему безмолвием, пришли к нему вновь и со слезами умоляли его паки вступить в должность игумена. «Неприлично, — говорили они, — тебе, отче, искать пользы для себя одного; попекись лучше и о спасении ближних». Закон братолюбия победил, богоносный старец согласился, но назначил себе на каждый день известное время для безмолвия, чтобы наедине предстоять Богу.
Пустынная жизнь текла тихо и богоугодно. Но вот слух о приближавшемся Едигее с свирепым войском привел (в 1408 г.) в страх всю Россию. Прп. Никон молил Господа о защите и призывал на помощь переселившегося на небо наставника своего, дабы не погибли плоды трудов его пустынных. Раз, после долгой молитвы, сел он для отдыха и в тонком сне ему явились святители Московские Петр († 1326, память 21 декабря/3 января) и Алексий († 1378, память 12/25 февраля) с преподобным Сергием. «Так угодно судьбам Божиим, — сказал Сергий, — чтобы нашествие иноплеменников коснулось сего места. Но ты, чадо, не скорби, не смущайся: искушение будет непродолжительно, и обитель не запустеет, а распространится еще более». Затем, преподав мир, святые перестали быть видимы.
«Боже правды и милосердия! — восклицает в благоговении святитель Филарет Московский. — Кто весть державу гнева Твоего? Кто уразумеет судьбы Твои, по которым и на дела святых, и на места святыни приходят грозные посещения? Возымела ль обитель Сергиева нужду довольно скоро после чистоты Сергеевой в огненном очищении? Надлежало ли ей пострадать безвинно, как жертве, чтобы вслед за гневом на грешников скорее привлечено было милосердие молитвами безвинно страждущих? Или по подобию того, как подобаше пострадати Христу, и через крест и смерть внити в славу воскресения, и всему, что Христом благословляется на долготу дней и славу, надобно испытать свой крест и свою смерть? Ты сие веси, Господи! Мы только веруем и знаем, что праведен еси во всех путех Твоих и преподобен во всех делех Твоих (Пс. 144, 17), и в правде милостив, равно как и в милости праведен. Уже милость Твоя предварила Твой суд, когда Ты благоволил предвещанием предохранить Твоего угодника от усугубляющей бедствие внезапности, и против находящих скорбей укрепить надеждою лучшего будущего».
По кратком времени за предвещением последовало событие. Обитель Сергиева не укрылась от набега иноплеменников, опустошена и сожжена. Но преподобный Никон с братией, по Божественному предварению, благовременно удалился и имел возможность сохранить от свирепых хищников некоторые святыни, иконы, деревянные сосуды, книги и келейные вещи. Когда опасность миновала, то преподобный Никон возвратился на пепелище, собрал рассеявшуюся братию и на прежнем месте стал создавать обитель. Прежде всего был построен храм во имя Пресвятой Живоначальной Троицы, где теперь стоит церковь Сошествия Святаго Духа; и освящен сей храм был в 1412 году, 25 сентября, в день преставления прп. Сергия. И достойные видели, как святитель Алексий с преподобным Сергием приходили освящать новые здания обители.
Преподобный ученик великого аввы, подобно наставнику своему, пользовался великим уважением и любовью не только у народа, но и у князей. В 1401 году он крестил сына Димитрия у князя кашинского Василия Михайловича; в 1410 году, по просьбе доброго князя Владимира Андреевича, он свидетельствовал духовное завещание его о разделе удела между детьми. Великий князь Василий Димитриевич чтил преподобного Никона, как это показывают жалованные грамоты князя. При Никоне обитель приобрела несколько земельных владений часто складами, частью покупкой, и много льгот в ограждение ее спокойствия. Но всего более заботился преподобный об устроении душевного спасения себе и другим. Святой Исаак Сирин, коего поучения описаны были в обители еще при жизни преподобного Сергия, учит: «От воспоминания о мирских предметах хладеет горячность любви и душа впадает в суетные и безрассудные пожелания». И преподобный Никон заботливо оберегал свою братию от этой духовной опасности. При нем и по его указаниям в Сергиевой обители, кроме многих богослужебных книг, списаны были: два списка «Лествицы» с главами Григория Синаита, поучения аввы Дорофея, «Диоптра» Филиппа пустынника с ответами аввы Варсонофия и с наставлениями Исихия.