Сибирь, завоеванная в 80–х годах XVI века, хотя медленно, но непрерывно заселялась русскими переселенцами. По берегам многочисленных рек они строили зимовья для сбора дани с инородцев, остроги для военной защиты от их набегов в города, где сосредоточивалось управление завоеванного края. Вместе с расселением русских по обширной Сибири распространялась и Христова вера: по зимовьям ставились кресты или часовни, по острогам строились церкви, а по городам — церкви и монастыри. В 1620 году была открыта Сибирская епархия в городе Тобольске. Но одного епископа, разумеется, было недостаточно для огромной страны, и церковная жизнь Сибири за все XVII столетие представляла грустную картину вопиющих беспорядков. Духовенства было недостаточно, и многие церкви стояли без пения; монастыри жили без устава, и монахи были таковыми только по имени. Среди верующих, не исключая и духовенства с монашеством, встречались такие пороки и царила такая распущенность, что неприлично и описывать. Сибирь нуждалась в апостолах веры Христовой.
В половине XVII столетия русские переселенцы дошли до границы Китайской империи, до озера Байкал и реки Амур. В то время были там построены небольшие крепости–остроги: в 1654 году построен Нерчинский острог, в 1665 году — Селенганский, оба на восточной стороне Байкала, а на западной еще ранее, в 1652 году, было основано Иркутское городище для сбора дани с соседних инородцев. Благодаря этим русским переселенцам начинаются сношения и столкновения с Китаем; от них проникает в Китай и православная христианская вера. В 1650 году казацкий атаман Иерофей Хабаров занял китайский город Албазин на левом берегу реки Амура. Укрепившись в Албазине и настроив городков, казаки держались здесь тридцать пять лет и отсюда владели всем течением Амура. Но в 1685 году китайцы осадили 450 казаков, засевших в Албазине с 15–тысячным войском и многочисленной артиллерией, и, истребив часть русских, остальных (около 300 человек) взяли в плен. Китайцы предложили пленникам на выбор — или вернуться в свои сибирские поселения, или поступить в подданство китайскому богдыхану. Из них перешло в китайское подданство только 45 человек с женщинами и детьми. Эти пленные албазинцы и были зерном Православной Русской Миссии в Китае. При выходе своем из Албазина они взяли с собою из крепостной церкви бедную церковную утварь с иконами и в числе их — образ святителя Николая, а также насильно увлекли с собою священника Максима Леонтьева. Русские пленники были приняты богдыханом Канси очень ласково, поселены были в самой столице Китая — в Пекине, на так называемом «Берестовом урочище», в северо–восточном углу столицы, у самой городской стены. (Богдыхан Канси царствовал с 1662 по 1722 гг. Он был государь мягкий и сочувствовавший европейцам. В его продолжительное царствование сделала большие успехи в Китае католическая миссия.) Спустя немного времени богдыхан отдал пленным христианам буддийское капище, которое они переделали в часовню. Сами пленники причислены были к почетному сословию воинов. В 1696 году часовня превращена была в церковь во имя Святой Софии Премудрости Божией, хотя обычно называлась Никольской по имени чтимой иконы. Престарелый отец Максим ревностно трудился на чужбине и продолжал свою пастырскую деятельность до самой кончины своей, последовавшей в 1711 или 1712 году.
По мысли митрополита Тобольского Филофея, неутомимого «апостола Сибири», в 1715 году с согласия богдыхана отправлена была первая Русская Миссия из десяти лиц под начальством архимандрита Илариона Лежайского. Богдыхан принял Миссию ласково, дал ей содержание и дозволил богослужение.
В 1718 году настоятель Миссии архимандрит Иларион скончался. На его место Святейшим Синодом был назначен святой Иннокентий. Еще до возведения его в сан архимандрита до Синода дошли слухи, что китайский император Канси склонен принять христианство (слух этот после оказался неверным). По сему поводу Тобольский митрополит Филофей, от которого была в зависимости и Китайская Миссия, писал сибирскому губернатору князю Гагарину, чтобы он сообщил о том Стефану Яворскому: «Полезно было бы при назначении доброго и мудрого человека в Пекин почтить его чином архиерейским или архипастырским и клиру с ним сослать человек пятнадцать».
Святейший Синод, рассмотрев это дело, определил послать в Пекин, столицу Китая, епископа, чтобы он мог рукополагать священников и диаконов. Епископом в Пекин и выбрали святого Иннокентия — мужа, известного своим благочестием и ученостью. Это определение решено было повергнуть на усмотрение императора Петра I. Во время производства этого дела архимандрит Александро–Невской лавры Феодосий был назначен епископом Новгородским, а святому Иннокентию было временно поручено исполнять должность наместника лавры.