Так китайские уполномоченные потребовали прежде всего отправки посла в Петербург; на это нужно было много времени.
В то время (14 февраля 1725 года) из Синода пришел указ, которым блаженному святителю повелевалось выехать из Селенгинска в Иркутск и ждать здесь нового указа. Прибыв в Иркутск, святитель, с согласия Тобольского митрополита Антония поселился в Вознесенском монастыре. Здесь святитель прожил почти год, не вступаясь в дела управления, только посвящая ставленников по поручению митрополита Сибирского.
Новые невзгоды ожидали святого мужа на новом его местожительстве. Архимандритом Вознесенского монастыря был Антоний Платковский, человек честолюбивый и очень хитрый. Стремление стать во главе Пекинской Миссии побуждало его, не разбирая средств, домогаться своей цели. Платковский отличался необузданным нравом и жестокостью. Но за дальностью от Петербурга и покровительством некоторых лиц он, не обращая внимания на жалобы угнетенных, продолжал чинить несправедливости. Узнав о приезде святого Иннокентия в Иркутск, Тобольский митрополит Антоний и губернатор князь Долгоруков просили святителя разобрать их спор с Платковским, но святитель не взял на себя этого, так как считал себя не в праве разбирать проступки архимандрита, не состоящего в его ведении.
В апреле 1726 года в Иркутск прибыл из Петербурга чрезвычайный посланник граф Савва Владиславич Рагузинский. Граф Рагузинский послан был уже по смерти Петра I императрицей Екатериной I для того, чтобы разрешить спорные дела между Россией и Китаем. Относительно святителя Иннокентия дано было графу такое постановление Святейшего Синода: ехать ему с посланниками в Китай, если с китайской стороны не будет к тому препятствия; если же туда его не допустят, то предписывалось ехать с графом архимандриту Антонию. Согласно этому указу святому Иннокентию пришлось сопровождать посланника до границы и поступать вообще по совету с ним. Святитель отправился в Селенгинск. Но и на этот раз Господь не привел ему переехать за границу России. Посланник письменно ходатайствовал перед китайскими властями о пропуске святого Иннокентия в Пекин, но не имел успеха. После свидания с двумя министрами богдыхана на пограничной речке Буре посланник 31 августа 1726 года доносил в Петербург, «что китайские министры, которые на границе его принимали, епископа Иннокентия Кульчицкого туда с ним, графом, в Китай без указа ханского не пропустили и не чает он, чтобы его китайцы приняли». В то же время Рагузинский сообщал, что, по словам китайских министров, богдыхан никогда не согласится принять в Китай такую превеликую особу, так как «великим господином называется их папа или хутухта». Такое донесение Рагузинского было принято в Петербурге к сведению. Принято было и представление графа, чтобы поехать в Пекин архимандриту Антонию, о котором тот отзывался с похвалою: живя в Иркутске, «учит насколько детей языку монгольскому и бывал в Пекине и человек трезв и не без ума». И вот Святейший Синод повелевает святителю Иннокентию впредь до получения нового указа начальствовать в Иркутском Вознесенском монастыре. Неизвестность и неопределенность положения томили святителя. Чем более проходило времени, тем все более затруднений и лишений приходилось ему испытывать. Но он терпеливо переносил их, ибо знал, что без воли Божией ни один волос не может упасть с головы человека. Несчастия и лишения — это лучший путь, ведущий к вечному блаженству. Святой Иннокентий переносил их без ропота.
Недолго, однако, святителю пришлось ждать нового назначения: 26 августа 1727 года он получил указ о бытии ему епископом в Иркутске. До сего времени Церковь Иркутская признавалась только викариатством Тобольской митрополии. Теперь она была выделена в особую епископию. На новом поприще ждало святителя не отдохновение, не успокоение от прежних трудов, а еще более забот, еще более невзгод. Достаточно упомянуть, что назначение в Иркутск его предшественники принимали как наказание и очень тяготились этим. Не так думал святитель. Не отдыха он искал в земной жизни, а труда.