2 сентября 1727 года он обратился с первым словом к своей пастве как архипастырь и отец. Вот его послание: «Божиею милостию преосвященный Иннокентий, епископ Иркутский и Нерчинский. Во град Иркутск всем Церкви Святыя и Восточныя сыном послушным, духовным и мирским, благодать Господа нашего Иисуса Христа, любовь Бога и Отца и причастие Святаго Духа да будет со всеми вами. Понеже благословением Божиим ея императорское величество, имея сердце свое благодатное в руце Божией, по докладу Святейшаго правительствующаго Синода, благоволила мя милостивым своим императорским указом определить в Иркутскую епархию настоящим епископом, и титуловати себе по той епархии, якоже и прежде бывало, того ради молю прежде всех творити моления за ея императорское величество о здравии, и всея ея императорской фамилии, Святейшаго правительствующаго Синода, такожде и о нашем смирении, титулуя нас Иркутским и Нерчинским. Прочее молим вас и архипастырски увещеваем, да такожде мудрствуйте единодушно, друг друга честию больша творяще, мир и любовь между собою имуще, якоже и апостол святый Павел поучает: елика пречестна, елика прелюбезна, елика прехвальна и прочая, сих поучайтеся, сим последуйте, сия держите, тако да и временная благая и вечная удостоитесь наследовати, всеусердно желаем и благословение посылаем. Аминь. Иннокентий епископ».
Много огорчений доставил святому Иннокентию Антоний Платковский. Возгордившись своим назначением в Пекинскую Миссию, он потребовал у святителя денег более 1000 рублей из суммы Вознесенского монастыря, не имея на то никакого права. Святитель отвечал, что выслать требуемой суммы он не может, так как таких денег в монастырской казне нет. В то же время открылось, что сам Платковский, в бытность свою в Иркутске архимандритом Вознесенского монастыря, растратил большие деньги. Надменный архимандрит грозил даже, что он будет жаловаться в Синод. Но дело кончилось тем, что он принужден был смириться и выплатить растраченные им деньги.
Такие несправедливые притязания Платковского сильно утруждали святителя, который в то же время ревностно занимался делами по своей епархии. Вступая на архипастырский престол в Иркутске, святой Иннокентий был преисполнен усердия послужить на пользу своей паствы, посвятить все силы своим пасомым. Он ясно провидел, что много трудов ему предстоит на новом служении. Духовенство в новой епархии было в самом жалком положении. Большинство из лиц духовных не получило почти никакого образования. Невежественные пастыри немногим отличались от пасомых и не могли быть духовными руководителями их — наставлять назидательным словом и привлекать добрым примером. Дети духовных учились тогда по большей части у своих отцов, а те, сами получив скудное образование, немногому могли научить своих детей. Недостаточное приготовление к священному сану необходимо влекло за собою разные беспорядки и нестроения. Многие священники с трудом читали и, стыдясь своего безграмотства, подпись за них других лиц объясняли своим слабым зрением, что «де он, поп, очима скорбен». Новых служителей Церкви взять было неоткуда, ибо в священники возводились из низших степеней; из дьячка ставили диаконом, а диакон возводился в сан иерея.
Святитель Иннокентий не замедлил принять все доступные ему средства для искоренения таких нестроений. Он потребовал, чтобы все священники в воскресные дни читали книжки, разосланные Святейшим Синодом под названием «Заповеди с толкованием», также поучения святых отцов Церкви. В случае неисполнения своих обязанностей святитель грозил нерадивым пастырям судом Божиим, на котором они должны будут дать ответь не только за себя, но и за своих детей духовных. Вообще, понимая важное значение духовенства, святой Иннокентий старался возвысить его положение, что видно из одной речи его, обращенной к пастырям. В этой речи святитель старался объяснить важность и ответственность иерейского служения. Он говорил, что священники — строители таин Божиих, свет для тьмы, соль земли, звезды неба, пастыри, которые обязаны отгонять волков от своего словесного стада. Священники, говорил ревностный архипастырь, должны усердно устроять дом Божий, украшать его всяким благодеянием, особенно усердно проповедовать слово Божие, непрерывно поучая своих духовных чад.