Святой Иннокентий распорядился и о том, чтобы священники его епархии не исполняли треб в чужих приходах, исключая крайней необходимости. Только на исповедь было дозволено принимать каждого приходящего даже из других приходов. Причащаться же всякий был обязан в своем приходском храме, причем, если он был у исповеди в другом приходе, то от духовного отца давалась ему отпускная грамота, удостоверяющая в том, что он был на исповеди и достоин принятия святых Христовых Таин.
Святитель обратил особенное внимание на большое число уклонявшихся от исповеди. В одном Иркутске в 1722 г. число не бывших у исповеди доходило до 420 человек. Святитель не мог без внимания оставить этого. Виновным было сделано внушение, чтобы они строго исполняли постановления Церкви.
Вообще святой первопрестольник Иркутский был ревностным пастырем подчиненной епархии, опытным устроителем церковной жизни в глухом краю необъятной Сибири. С этой стороны особенно замечательна инструкция святителя, данная священнику Даниилу Иванову, «закащику», по–нашему — благочинному.
«Выдать тебе заказ (благочиние) Заморский (Забайкальский) во всем Селенгинском округе, а в действии поступать по сим пунктам:
1. Объехать тебе церкви в твоем заказе и смотреть всего благочиния церковного и над священниками и над всем причтом, а именно: не бесчинствовали бы, не шумели бы по улицам или в церкви пьяни; не пиют ли вино по кабакам и прочая по прибавлению Регламента о священниках.
2. Указы его величества рассылать, а для рассылки оных посылать поочередно в твоем заказе дьячков и пономарей, аще куда скорых и хороших попутчиков не прилучится, а подводы дьячкам и пономарям брать от церкви до церкви.
3. Тебе, священнику, давать венечные памяти ко всем церквам своего заказа, по Правилам святых апостол и святых отец и по указам его величества; и аще где далеко, то иным приказывать; собирать пошлину по прежнему обыкновению без излишества; такожде давать дьячкам и пономарям указы по указу Преосвященного со взятием пошлин; в прошениях о местах прописано бы было, руга ли (то есть жалованье ли) ему или из доходов питаться будет, и что он добрый и не подозрительный человек.
4. Тебе же повсегодно собирать со всех церквей твоего заказа данные по табели окладные деньги без излишества. Аще где возобновятся по указу часовни, данные окладные собирать же и отдавать.
5. Аще кто на священника или на причетника подает тебе доношение, тебе смотреть; аще в каком важном деле есть, отсылать в Иркутский архиерейский приказ к решению, аще же о маловажных делех, таковыя самому по правилам и регламенту решать, без всякой понаровки (то есть, без всякого попустительства).
6. О своем решении дела доносить в приказ.
7. Доставлять от всех церквей метрические тетради и исповедные записи.
8. Надзирать за тем, чтобы не было беспаспортных духовных лиц в округе и, если окажутся, доставлять к Преосвященному.
9. Надзирать за тем, нет ли раскольников и, если окажутся, доносить.
10. Не поступать сверх права, предоставленного инструкцией, и дела должности исполнять усердно и по совести.
11. На бумагу, чернила брать со всех церквей по пропорции, сколько изойдет; такоже и писчику определить с каждой церкви по рублю, а больше не определять.
12. Подводы разложить на священников с причетники и собрать с них деньги в одну сумму, по рассмотрении прихода, с кого надлежать больше, с кого меньше, чтоб в том никому не было обиды; когда придут какие указы, то наимовать из той суммы собранной без излишества и рассылать, куда надлежит».
Вообще недолголетнее пребывание святителя Иннокентия на Иркутской кафедре было ознаменовано непрерывными заботами его о благе вверенной ему паствы и неусыпными трудами. Сам он всем подавал пример строгой благочестивой жизни и требовал, чтобы и духовенство служило примером для своей паствы. Но трудно было бороться святителю с некоторыми пороками, которыми страдало сибирское духовенство. Особенно сильно был развит среди него порок пьянства. Часто священники «бывали сильны и храбры к питью» в домах прихожан. Такие пастыри и в храме Божием позволяли себе непристойные поступки. «В церквах, — говорят документы того времени, — такие священники иногда бранятся, иногда и дерутся; друзии же злонравнии священницы в церкви и алтаре сквернословят, бранятся и творят дом Божий вертепом разбойников»; многие священники чревоугодию своему следовали, пьяные бродили по улицам, валялись в кабаках; по улицам бродя, бесчиние шумели, ложились спать на дороге, кощунствовали, дрались».
На это уже было давно обращено внимание духовной власти. Еще в 1702 г. в Тобольске был собран Собор по поводу таких бесчинств. Здесь были изданы правила против пьянства священников и прочего притча. Одно из них подвергает строгой ответственности виновных: «Священник, аще в безмерном явится пьянстве, или диакон, или дьячек и пономарь, пене архиерейской подлежит, яко соблазн миру, по третьем же наказании чужд да будет священства».
Святой Иннокентий всякими мерами старался искоренить пьянство; виновных он подвергал суду.