Раз до святителя дошли слухи, что сторож одной церкви с церковным ключом был в питейном доме и там в нетрезвом виде вступил в драку с другими. Святитель потребовал к себе виновного, усовещивал его. Когда же тот сознался во всем, святитель повелел его держать взаперти в монастырской хлебопекарне с тем, чтобы он сеял муку, а затем отпустить, взяв с него расписку — впредь церковного ключа не носить с собой в корчемницу и жить трезво.
Не только наказанием, но чаще всего увещанием и своим мудрым словом старался святитель исправлять подчиненных. С 1729 года военная церковь Якутского полка поступила в ведение Иркутского архипастыря. Святителю донесли, что полковой священник иеромонах Феофан Капарский ведет сильно нетрезвую жизнь и не исполняет своих обязанностей. Даже дни Страстной седмицы не останавливали его. Святитель обратился к нему с трогательным, чисто отеческим вразумлением: «Честный отец Феофан! Не заслужил ты такого нашего вразумления, а скорее достоин бесчестия. Однако мы пишем к тебе. Как ты не стыдишься, что призван от Господа Бога о всем мире святую жертву приносить и пасти стадо словесных овец Его, о нихже истязан будешь и дашь ответ в день страшного испытания, а сам ты того звания не содержишь, но беспрестанно пьешь и безгодно упиваешься допьяна, а дела своего не исправляешь, чинишь многие бездельные непотребства. Дело ли это священника? Ныне тебе это пишем, увещевая тебя отечески, чтобы ты исправился. Если же ты не оставишь своих пороков, то знай, что с бесчестием ты из полку переменен будешь, позван к нам на суд и примешь достойное по делам твоим. Но прошу, исправься».
Всеми силами старался святитель искоренить этот недуг духовных пастырей народа. Для сего–то он и требовал, чтобы прихожане были осмотрительны в своем избрании будущих священников, избирали достойных, а не таких, которые «надзирают корчемницы». «Сего ради, — говорил святитель в одном из своих поучений к пастырям, — достоит им познать свою честь и хранить ее, яко зеницу ока, да свет не обратится в тьму и слава — в бесчестие».
Святитель заботливо следил, чтобы не было никаких распрей и раздоров среда духовенства. А при тогдашнем состоянии Сибирской Церкви такие случаи, действительно, иногда происходили, как это видно из следующего.
Дворянский сын Никита Варлаамов с царского разрешения построил в 1709 году монастырь в Нерчинске на свое иждивение. Согласно с царской грамотой, Никита был возведен в сан игумена и наречен Панкратием. В этой грамоте было сказано, чтобы «игуменам не ведать крестьян, ведать им токмо церковь Божию». Заведование монастырскими имуществами после Панкратия должно было перейти к одному из мирян. Это и вызвало среди братии недовольство и малое уважение к вновь выбранному игумену после Панкратия — иеромонаху Нафанаилу. Некоторые из братии позволяли себе бранить нового игумена; ссоры и брань, своеволие и непослушание в обители были непрестанные. Нафанаилу пришлось лично просить святого Иннокентия, чтобы он своей святительской властью положил предел таким беспорядкам. Святитель не остался глух к просьбам Нафанаила и послал в Нерчинский монастырь такое послание: «Указ нашего архиерейства Нерчинского Успенского монастыря монахам, вкладчикам и крестьянам. Известно нашему архиерейству от достоверных персон учинилось, а наипаче от того монастыря игумена Нафанаила, который в прошлом годе по просьбе нашей, а по благодати Всесвятаго Духа, через мерность нашу произведен к вам в игумена, что от монахов и бельцов наносятся ему укорительные, бездельные слова; такожде во многих случаях и монастырских трудах, которые бывают для общей монастырской пользы, чинится непослушание. Того ради мы вас отечески увещеваем и повелеваем, дабы вы игумену Нафанаилу, яко отцу своему и начальнику, во всем повиновались и без его повелений ничесоже действовали и между собою, яко зверие, не ссорилися, под неблагословением Божиим и нашим. Аще противно будете чинить, и аще от него на вас впредь будет в чем прошение, то таковый к ответу по указам ея императорского величества взят будет в Иркутск. Прочее же Бог мира и любви да пребывает с вами и наше недостойное благословение».
Не менее святитель заботился и о простых мирянах. Побуждая священников поучать своих чад духовных, сам святитель часто и неоднократно обращался к своей пастве со словом поучения. В своих проповедях он грозно вооружался против пороков и кротко увещевал своих слушателей исполнять заповеди Божии, и призыв святителя не остался без ответа. Его мудрое и отеческое слово глубоко западало в сердца слушателей. Множество народа стекалось, чтобы послушать его поучения. Многих слово святителя исправляло и поддерживало на жизненном пути, среди бед и невзгод. Более 200 лет хранилось предание о красноречивых сердечных поучениях блаженного Иннокентия. Многие списывали эти поучения.
Остановимся на некоторых мыслях святителя, которые он проводил в своих поучениях к пастве; посмотрим, куда он вел свое словесное стадо. Мы отсюда увидим, как просто, наглядно и жизненно поучал он верующих.