Святой Иннокентий звал своих пасомых на высоту христианского совершенства, но жизнь их была очень невысока. Особенно часты были в Сибири случаи нарушения целомудрия и супружеской верности. В своих поучениях святитель предостерегал пасомых от этих пороков. Так, изъясняя притчу о блудном сыне, святитель говорить: «А той злой обычай и ныне есть в мире. Егда человек придет в возраст, то сперва приищет друга себе такого, каков сам; сначала подружатся, а потом начнут чинить советы и все друг к другу плотским люблением располагаются, а не духовным, и в той любви научатся пьянству, а иные скакать, плясать, а затем гордитися, лихоимствовати и блуд творити. О, любители блуда и нечистоты! О, несытая мерзость! Понеже бо всякая нечистота не точию сердце помрачает, но и видение лица погубляет. Слыши, что апостол глаголет:
Своими распоряжениями святитель старался положить предел беспорядочной плотской жизни некоторых из его паствы. От священников он требовал, чтобы браки были заключаемы по установленным законам. Не исполнявшие этого подвергались денежным взысканиям, но искренно каявшиеся получали прощение. Таков был святитель — со строгостью он соединял кротость и незлобие. Иркутский кафедральный протоиерей Петр Григорьев, уличенный в том, что он содействовал венчанию незаконного брака, был лишен протоиерейства и низведен на год в ряд простых священников. Но после искреннего раскаяния святитель простил его и возвел в прежнее достоинство. Много можно указать примеров такой кротости святителя.
В Сибири было тогда весьма мало церквей. В новой епархии всего насчитывалось 33 церкви и 4 монастыря. Множество сел было удалено от церквей на огромное расстояние. Поэтому большая часть верующих не могла исполнять в точности всех церковных обрядов. Было много таких, которые долгое время не принимали крещения; браки заключались без благословения Церкви. Будучи сам строгим ревнителем благочестия, святитель ревностно и неутомимо заботился об умножении благочестия между пастырями и пасомыми, между мирянами и монашествующими. Не имея средств, он не имел возможности строить новые церкви, но разрешал строить часовни. Вследствие того, что антиминсов новых, по неизвестной причине, не присылали в Тобольскую епархию, святитель взял даже лишний антиминс из Свято–Троицкого Селенгинского монастыря. В Иркутске он освятил две церкви в 1729 году.
В одной проповеди на освящение церкви святитель говорит: «Но ныне аще кто пожелает святую церковь построити, то не стены едины созидайте, но и внутрь украшайте ризами, сосудами, а наипаче всех сих — людьми благоразумными, священниками богобоязненными».
Вследствие отдаленности храмов Божиих в Сибири было много людей, которые до 30 лет и более не ходили в храм и не соблюдали постановлений Церкви. Святитель и сам говорил и духовным пастырям поручал говорить в церквах о необходимости, по мере сил, ходить в храм Божий, о соблюдении поста, о причащении, изъяснял значение семи таинств, красноречиво изображал кончину мира, говорил о воскресении мертвых, о страшном суде Божием, о будущем блаженстве праведных и лютых муках грешников, и этим побуждал всех к покаянию.
В поучении на Введение во храм Пресвятой Богородицы святитель говорит: «Она, Пречистая, от рождения трех лет, сущи безгрешна и чиста, всегда в церкви пребывала, а мы грешнии, нечистии, не только от трех лет рождения, но и до тридцати лет живем и в церковь не входим и грехи всегда сотворим и не раскаиваемся».
Настаивая на том, чтобы все исполняли постановления Церкви, святитель требовал, чтобы внезапно умиравшие от какой бы то ни было причины не иначе были удостоиваемы погребения при церквах, как по строгом дознании, были ли они в течение года, предшествовавшего их внезапной кончине, у исповеди и святого причастия. Если оказывалось противное, то они, как не заслужившие почета Церкви, были зарываемы за городом. Это же правило прилагалось и к тем, кто умирал без должного напутствия. Святитель понимал, что без мер строгости нельзя было получить желанных плодов.