Святой Иннокентий иногда удалялся в монастырское село Малую Бланку, отстоявшее верстах в пятнадцати от Иркутска. Отдыхая от трудов управления, святитель и здесь не оставался праздным: он принимал участие в полевых работах. В своей домашней жизни святитель был прост. Одежда его состояла из власяницы, поверх которой он надевал сделанный из кожи лося подрясник и кожаный пояс. Насколько святитель был незлобив, лучше всего видно из следующего. Вышеупомянутый архимандрит Антоний Платковский, причинивший много зла блаженному, был поражен благочестием и добротою святого Иннокентия. Он был обвинен в растратах монастырских денег. Ему не на что было отправляться в Пекин. Но незлобивый святитель дал ему средства для этой поездки.
Близким к святителю человеком был учитель монгольской школы Лапсан. Святитель неоднократно беседовал с ним. Сии беседы, а равно и подвиги Иннокентия, очевидцем коих был Лапсан, произвели на него сильное впечатление. По кончине святого епископа он перешел в христианство вместе со всем своим домом.
Непрерывные труды надломили и без того слабое здоровье святителя. Уроженец Черниговской губернии, он с трудом мог привыкнуть к суровой природе Сибири. Огорчения, тяжкие обиды, дальние разъезды, строгая подвижническая жизнь — все это расстраивало его здоровье. Сначала у него открылись сильные головные боли, затем к этому присоединились другие болезни и немощи. В сентябре и октябре месяцах 1731 года святитель уже лежал больным и не мог совершать богослужения. В последний раз он служил 3 октября в воскресенье.
Во время болезни святой Иннокентий благодарил всех служивших ему; в случае выздоровления обещал всех вознаградить из своих рук. Особенно он заботился о построении каменного храма в Вознесенской обители вместо прежнего деревянного, крайне обветшавшего. Святитель неоднократно выражал тогда сожаление, что ему замедлили выдачей жалованья, из которого первая тысяча рублей давно была уже обещана им на построение этого храма. В случае своей смерти он заповедал братии построить храм на монастырские средства, о сбережении и умножении которых он так много заботился. Между тем болезнь все усиливалась. 24 ноября святитель всех удовлетворил жалованием, а остальные деньги велел сосчитать и положить в мешки за печатью; наместнику Паисию за его услуги подарил свою шубу. 25 ноября он просил братию и духовенство города помолиться о нем. Церковь Иркутская стала горячо молиться о выздоровлении своего архипастыря, но Господь судил иначе. Утром в субботу, 27 ноября 1731 года, святитель мирно отошел к Господу, имея всего около 50 лет от рода, но истощенный заботами и скорбями своей многотрудной жизни.
Паства оплакала кончину своего отца и учителя. С подобающим торжеством честное тело его было погребено в Тихвинской церкви Вознесенского монастыря.
Много чудес проистекло от святых мощей славного угодника Божия. Упомянем только о некоторых.
В 1770 году проживавшая в Иркутске Пелагея Судейкина сильно заболела горячкой. Во время болезни ей было видение: больной представилось, будто она стоит в Тихвинской церкви и святитель совершает утреню. Она просила благословения. Святитель вышел из алтаря, благословил, потом послал ей с светлым юношей частицу артоса; она вкусила и почувствовала себя здоровой. Желая возблагодарить своего целителя, Пелагея спросила, какую читать ему молитву? Святитель вторично вышел к ней, развернул перед ней свиток, в котором было написано: «Милостивый мой наставниче, благоутробия сокровище, правоверия учителю, архиереев похвало, безпомощных заступниче, отче наш, иерарше, моли Бога о нас!»
Пробудившись, Пелагея почувствовала себя совершенно здоровой и тотчас же встала.
Якутский купец Павел Лебедев переломил себе ногу. Его болезнь так усилилась, что он стал готовиться к смерти. В ночь на 3 января 1785 года в комнату, где лежал больной, вошел святитель с жезлом в руке и сказал: «Проси помощи у Иннокентия, что в Иркутске».
Лебедев проснулся, но потом опять погрузился в дремоту, не придавая особенного значения видению. Святитель опять явился и, укоряя болящего в неверии, ударил жезлом в пол. Лебедев, пробудившись, увидел на полу след удара. Он начал верить. Перед утром святитель в третий раз явился болящему, и ужасная боль сменяется легким зудом. Утром Лебедев уже мог ходить без костыля и поспешно направился к гробу своего целителя.
В 1786 году протоиерей Иаков Загоскин заметил, что зрение его стало слабеть. Он долго страдал и наконец вовсе перестал видеть. Слыша о чудесах, которые подает святой Иннокентий, больной непрестанно обращался к нему с молитвой о помощи. Однажды, сидя в кресле, он забылся легкой дремотой. Вдруг перед ним явился святитель Иннокентий в полном облачении, как он почивает во гробе. Святитель положил свою десницу на голову болящего и повелел чаще призывать его имя. Спустя немного времени протоиерей начал слегка разбирать окружающие его предметы, а потом стал ясно видеть все.