Сильно любя благочестие и благолепие, святой Иннокентий противодействовал всяким беспорядкам и нестроениям в Церкви. Узнав о разных неурядицах в Забайкальской области в 1728 г., святитель послал игумена Пахомия осмотреть церкви и в случае нужды производить дознание и следствие. В следующем, 1729, году сам святитель обозревал зимой свою епархию по левому берегу реки Ангары. Как необходимы были такие заботы о своей пастве, видно из следующего.
Святителю донесли, что у некоего Иоанна Шункова проживает лама. Последний задумал построить кумирню, и Шунков оказывал ламе содействие при этой постройке. Призванный к допросу, Шунков открыто признался, что он помогал в постройке кумирни. Лама говорил ему, что он будет молиться своему богу и у него будут держаться дети. Тогда было решено: в присутствии народа наказать суевера Шункова в предостережение других.
По указу 1723 года часовни были закрыты, но потом дозволено было возобновлять их, впрочем, только с разрешения архиерея. Священник Григорий Смагин, не испрашивая благословения у святого Иннокентия, самовольно дозволил возобновить в 1729 г. часовню за рекой Ангарой и нанял к ней дьячка‑каторжника. Тот же священник открыл самовольно еще другую часовню при деревне Евсеевой. Святитель повелел подвергнуть этого священника наказанию, взыскать с него пять рублей штрафа, а часовни упразднить.
Святитель любил истинное подвижничество и ценил людей, подвизавшихся во славу Божию. Особенным вниманием святителя пользовались благочестивый настоятель Свято–Троицкого Селенгинского монастыря архимандрит Мисаил, настоятель Нерчинского монастыря игумен Нафанаил и духовник святителя иеромонах Корнилий.
В то время в Сибири не раз происходили недороды хлеба. Святитель всегда сам молился перед Господом о изобилии плодов земных и того же требовал от пастырей. Во времена же грядущего бедствия он возносил сугубые моления об отвращении праведного суда Божия. «В граде Иркутске, — писал святитель в одном из своих писем в 1728 году, — умножились между людьми блудные дела, за что грядет гнев Божий на сыны противления». И действительно, во всей Иркутской епархии в том году стояла засуха. Святитель повелел по всем церквам возносить моления Господу о ниспослании дождя. Молитвы святого архипастыря были услышаны: в конце июля прошел сильный дождь, и грозная опасность голода исчезла. На следующий год, наоборот, лето было необыкновенно дождливо, и святитель опять предписал молиться. В следующих, 1730 и 1731 гг. владыка опять делает то же распоряжение.
«По желанию нашему, — говорит сей истинный пастырь Христовой Церкви, — к общему всех православных христиан благу повелевается соборне со всеми градскими священниками в соборе совершить ко всех благих Подателю Всещедрому Богу молебное по последованию Требника о дожде пение, по Божественной литургии, да и впредь по вся дни нынешние весенние, как в соборе, так и во всех градских церквах чередным священникам на всяк день».
Так в течение немногих лет своего святительства блаженный Иннокентий не переставал молить Господа о благополучии вверенной ему паствы.
Много невзгод и обид приходилось переносить святителю. Он желал уничтожить право откупа, по крайней мере, в монастырских владениях, потому что не мог видеть, как откупщики опаивали народ, особенно новообращенных инородцев. Его желание не противоречило закону, но против этого восстали откупщики. Они настаивали на том, чтобы им было разрешено продавать вино не только в монастырских селах, но даже и вблизи монастырей. Для разрешения дела об откупах надо было ехать в столицу, потому что в Сибири почти невозможно было добиться справедливого решения. Но сделать этого он не имел ни времени, ни средств.
Святитель в течение недолгого времени своего пребывания на Иркутской кафедре, которую он занимал 4 года и 3 месяца, положил твердое начало успехам веры Христовой в Иркутском крае. Он был истинным пастырем своего стада, ревностным учителем добра и правды, насадителем Христовой веры среди монголов и бурят, искоренителем суеверий и ложных учений, распространителем просвещения в дикой Сибирской стране.
Многотрудна и нерадостна была вся жизнь святителя Иннокентия. Но всего более невзгод и лишений претерпел он в Сибири. Здесь он шествовал поистине тесным и скорбным путем. Имея великое смирение, блаженный видел на себе особое усмотрение Божие: посему не роптал, не просил перемещения на другую кафедру. Святитель любил уединятся для молитвы в пещеру, которую ископал для себя первый основатель Вознесенской обители Герасим; любил возносить свои моления святой пастырь и над могилой Герасима. Каждую ночь святитель читал творения святых отцов или составлял поучения для своей паствы. Часто по ночам, выходя из своей келлии, он направлялся к главному храму Вознесенской обители и молился на него со всех четырех сторон. Заповедуя инокам соблюдать монашеское правило, святитель сам строго выполнял его.