После захвата противником основных баз — Архангельска и Мурманска — существование флотилии прекратилось. Судьба многих моряков сложилась трагически. Вот что пишет об оставшихся в Медвежьей Горе Кадесников: «Вместе с группами летчика лейтенанта А.Д. Мельницкого и командира десантной роты лейтенанта Вуича были захвачены и расстреляны: лейтенант Е. Садовинский, лейтенант Добромыслов, мичман Г. Католинский, старший гардемарин А. Хмылино-Вдовиковский, П. Светухин и др. Старший кадет Былим-Колосовский сумел бежать из Петрозаводска, но был во второй раз схвачен в нескольких километрах от финской границы и убит на обратном пути при конвоировании. Некоторые из захваченных сумели сбежать и пробраться к белым на юг России, но некоторым, в том числе гардемарину Ф. Каналоши-Лефлеру, избежавшим смерти весной 1920 года на севере России, не удалось от нее уйти осенью того же года при переходе через фронт в белый Крым. Нам также известно, как лейтенанту Е. Максимову с неимоверными трудностями удалось уйти на лыжах из Медвежьей Горы в Финляндию, но и этот выдающийся офицер позднее погиб при повторном нелегальном переходе границы с разведывательной целью
».Часть офицеров и некоторое количество матросов флотилии смогли попасть в Финляндию, где их интернировали в городе Лахти-Хеннола. Моряки флотилии во главе с командиром жаждали вновь принять участие в боях с большевиками. Так, Кира-Динжан 22 июля 1920 г. говорил: «…все мы согласны ехать (в том числе и я, конечно) в любых условиях, хоть на верхней палубе всю дорогу, лишь бы попасть в Крым
». Однако попасть к Врангелю не удалось: до эвакуации «острова Крым» оставалось чуть более трех месяцев…