Артиллерийская команда экипажа в начале боя в составе 1 й артиллерийской легкой гвардейской роты стояла между Преображенским и Семеновским полками. Во время атаки французов на редуты Багратиона она выдвинулась к селу Семеновское и картечным огнем отбивала атаки французской конницы и стреляла по французским батареям. Рота пробыла 4 часа под огнем 30 пушечной французской батареи и ушла с позиции, когда атаки французов прекратились.
При отступлении от Бородина Гвардейский экипаж шел в авангарде армии, исправляя мосты и переправы. 2 сентября экипаж вступил в Москву и взял под охрану мосты через Москву-реку и Яузу, по которым проходила армия, направляясь на Рязанскую дорогу. Нелегкая задача выпала на долю гвардейских моряков – удерживать порядок на переправах, так как вместе с войсками тысячи москвичей со своими пожитками старались по этим же мостам выбраться из Москвы. 4 сентября, когда все русские войска покинули город, мосты были сожжены.
Вечером 4 сентября моряки подошли в Боровской переправе и на глазах у французских кавалеристов уничтожили мост, через который прошла наша армия, при этом были смертельно ранены три матроса.
Уничтожение мостов и переправ служили большим препятствием французам в их преследовании, им приходилось либо отыскивать броды, либо строить новые мосты, а на это уходило много времени, в особенности из-за отсутствия строительных материалов, которые нашими войсками при отступлении или увозились с собой, или уничтожались.
Уничтожив Боровский мост, Гвардейский экипаж перешел к селу Красная Пахра, где участвовал в наведении понтонных мостов, по которым армия, следуя планам М.И. Кутузова, перешла на Калужскую дорогу. В дальнейшем, двигаясь в авангарде с понтонными частями, моряки ремонтировали мосты, наводили переправы, исправляли дроги. 20 сентября войска встали лагерем в районе села Тарутино. Гвардейский экипаж расположился в селе Овчинникове вблизи Большой Калужской дороги. Во время стоянки ежедневно проводились строевые учения и учебные стрельбы.
8 октября Наполеон выступил из Москвы. Узнав об этом, М.И. Кутузов приказал войскам немедленно двигаться к Малоярославцу. Около 10 часов утра 11 октября И.П. Карцов получил непосредственно от Главнокомандующего приказание построить как можно скорее мосты через реку Протву у села Спас-Лыковщино, находящегося в 17 верстах от Овчинникова. Под проливным дождем, почти все время бегом Гвардейский экипаж прибыл под Спас-Лыковщино.
Понимая важность возложенного поручения, матросы и офицеры работали без отдыха. Всего за 6 часов моряки построили три наплавных моста. Авангард русских войск – корпус генерала Д.С. Дохтурова, быстро переправившись вечером того же дня, на заре прибыл под Малоярославец и помешал французам закрепиться и устроить удобную переправу. На рассвете 12 октября начали переправляться основные силы русской армии. М.И. Кутузов находился на берегу между мостами и наблюдал за движением войск. Он беспокоился за прочность мостов, под тяжестью орудий настил иногда уходил под воду. Когда последняя часть сошла с моста, М.И. Кутузов, столь скупой на похвалы и одобрения, потребовал к себе командира экипажа и сказал ему: «Благодари от меня офицеров и матросов за их деятельность, а все-таки, если бы что-нибудь случилось ко вреду и задержанию войска на переправе, я велел бы тебя расстрелять…»
Во время сражения под Красным (4–5 октября) экипаж находился в резерве, только артиллерийская команда в составе 1 й легкой артиллерийской роты находилась на правом фланге при уничтожении корпуса Даву.
Во время преследования армии Наполеона моряками были построены мосты через Днепр у местечка Копысе и Березину у Борисова, отремонтированы мосты через реки Бобр и Лощицу. Работать приходилось при сильном морозе, иногда по пояс в воде. От простуды и тифа умерли 8 матросов. 5 декабря Гвардейский экипаж в составе Гвардейского корпуса церемониальным маршем вступил в Вильно. Со дня выхода из С.-Петербурга экипаж потерял убитыми 16 человек, умершими от ран и болезней – 26, пропавшими без вести – 6, кроме того, артиллерийская команда потеряла убитыми 6 и умершими от ран и болезней – 5 человек.
В Отечественной войне 1812 г. приняли участие и три морских полка, входившие в состав Балтийского флота. В начале 1812 г. они состояли в 25 й пехотной дивизии, дислоцированной в Финляндии, а их артиллерия причислена к 25 й легкой артиллерийской бригаде. Первый Морской полк (командир полковник А.П. Попов) в сентябре был отправлен из С.-Петербурга на пополнение корпуса П.Х. Витгенштейна. Полк участвовал в сражениях при Чашниках, Смолянах, на р. Березине. Второй Морской полк (командир полковник А.Э. Пейкер) занимался обучением ополченцев в С.-Петербурге и Новгороде, а в декабре прибыл в состав корпуса П.Х. Витгенштейна. Третий Морской полк (командир полковник Н.И. Шевнин) оставался в С.-Петербурге для несения караулов и обучения ополченцев. В марте 1813 г. Морские полки были переведены в военно-сухопутное ведомство.