Целая цепь мелких судов, находившаяся вдоль северного побережья Франции и берегов Бискайского залива, следила за подвозом к Бресту, который нуждался в огромном количестве материалов и припасов для союзного флота. Результатом этого явилась скудость снабжения союзных кораблей, что делало их неспособными к продолжительному плаванию и возможность им выходить только в исключительно штормовые погоды, которые отгоняли англичан, что обыкновенно приводило к серьезным повреждениям союзных кораблей.
Вследствие этих причин Ф. де Брюи не мог выполнить приказания Бонапарта в феврале 1800 г. выйти из Бреста с 30 союзными кораблями, чтобы перейти в Тулон, освободить Мальту и быть готовым для плавания в Египет.
В Средиземном море эскадра Д. Кейта блокировала Мальту, а также Геную, помогала австрийцам изгнать французов из Пьемонта и Тосканы.
Наполеон, став 1 м консулом, решил оказать помощь египетской армии генерала Мену. Он заключил союз с Павлом I, и русский флот не препятствовал французам в Средиземном море, объявил войну Португалии, что задержало отправку в Египет с острова Минорка английского корпуса генерала Р. Аберкромби; двинул корпус Сульта в Неаполитанское королевство для занятия портов Бриндизи, Отранто и Тарента, чтобы ими не воспользовались англичане, как наиболее удобными для отправки войск в Египет.
Наполеон также приказал перевезти в Египет 5000 войск. Ввиду отсутствия снабжения для большого флота, Бонапарт приказал контр-адмиралу О. Гантому в октябре 1800 г. выйти из Бреста с семью лучшими линейными кораблями Брестского флота, на которые посадить 5000 солдат и погрузить значительное количество боевых и продовольственных запасов, собранных со всего флота, которые он должен был доставить в Египет.
О. Гантому удалось выйти только ночью 23 января во время жестокого шторма, отогнавшего английскую эскадру от Бреста. 9 февраля он вошел в Средиземное море. Взяв по пути несколько английских судов в плен, французы 19 февраля прибыли в Тулон. Дважды французы выходили из Тулона, чтобы следовать к Египту, но каждый раз, встретив английские корабли, возвращались.
Наполеон приказал О. Гантому сделать еще одну попытку доставить помощь египетской армии. 27 апреля, уже после подписания капитуляции французских войск в Египте, О. Гантом вышел в море и, зайдя в Ливорно и Бриндизи, 7 июня подошел к берегам Египта. Он решил высадить войска к западу от Александрии. Но в тот момент, когда все было готово к высадке, на востоке показались суда лорда Д. Кейта. На судах О. Гантома обрубили якорные канаты, спешно пошли в море и 22 июля вернулись в Тулон.
Французская армия в Египте, даже не получая подкреплений, продолжала боевые действия. В марте 1800 г. генерал Ж.Б. Клебер разгромил пришедшую из Сирии турецкую армию.
Тогда английским правительством был разработан план высадки 20 000 английских войск западнее устья Нила для совместных действий с сирийской армией турок. В конце 1800 г. в Гибралтаре сосредоточился флот и сухопутные войска адмирала Д. Кейта и генерал-лейтенанта сэра Р. Аберкромби для действий против французской армии в Египте. 31 января 1801 г. флот подошел к берегам Малой Азии (Анатолии) в бухту Мормарис. Туда же пришли турецкие суда.
Английский корпус генерала Р. Аберкромби (17 тысяч) с эскадрой Д. Кейта (135 судов) 22 февраля 1801 г. отправился к Египту и прибыл 1 марта 1801 г. на Абукирский рейд. 8 марта англичане начали высадку. Благодаря значительному количеству плавсредств они высадили на берег сразу 6 тысяч. Начавшаяся этой высадкой кампания привела к капитуляции французских войск в Египте. 31 марта 1801 г. генерал Ж. Мену подписал конвенцию об очищении Александрии и возвращении французских войск во Францию. В сентябре 1801 г. остатки французских войск покинули Египет. Так закончилась Египетская экспедиция Наполеона.
Одновременно с посылкой О. Гантома в Египет, Бонапарт решил сосредоточить значительные морские силы в Кадиксе, чтобы действовать на сообщениях английского флота со Средиземным морем. Адмирал Ф. де Брюи получил приказ идти в Кадикс, где находилось около 10 испанских кораблей. Туда же были направлены из Тулона под командованием контр-адмирала Д. Линуа три корабля. Однако Ф. де Брюи так и не удалось выйти из Бреста.
Английская эскадра Д. Сомареца (семь линейных кораблей, фрегат и бриг) находилась у Кадикса. Это был передовой отряд эскадры, блокировавшей Брест, который пошел за О. Гантомом.
1 июля 1801 г. у Гибралтара появилась французская эскадра контр-адмирала Д. Линуа, а спустя три дня французы стали на рейде Алжезираса. 6 июля к рейду подошла английская эскадра, которая на следующее утро атаковала французов. Французы отчаянно сопротивлялись, один английский корабль сел на мель и был взят французами. После боя Д. Сомарец отошел к Гибралтару и приступил к исправлению повреждений.
Утром 9 июля пять испанских линейных кораблей, три фрегата и люгер под командованием генерала Д. Ж. де-Моренго направились из Кадикса к проливу и к 15 часам подошли к Алжезирасу с целью сопровождать корабли Д. Линуа.