Беловежские соглашения стали одним из эпизодов обвинения против Б. Н. Ельцина при попытке отрешить его от должности главы государства в мае 1999 года. Специальная комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации установила, что при подписании Беловежских соглашений «Б. Н. Ельцин пошел на грубое нарушение статей 74–76 Конституции СССР 1977 г., Закона СССР от 03 апреля 1990 г. «О порядке решения вопросов, связанных с выходом союзной республики из СССР», статей 4, 5, 68, 70, 71, 76 Конституции РСФСР 1978 г., статей 4, 6 Закона РСФСР от 24 апреля 1991 года «О Президенте РСФСР» и совершил указанные действия вопреки воле народов РСФСР о необходимости сохранения СССР, выраженной во время всенародного голосования (референдума), состоявшегося 17 марта 1991 года».
Комиссия признала, что «в действиях Президента Российской Федерации Б. Н. Ельцина, направленных на подготовку, заключение и реализацию Беловежских соглашений, имеются достаточные данные, указывающие на признаки тяжкого преступления, предусмотренного статьей 64 УК РСФСР (275 УК РФ)» и «заключающиеся в измене Родине путем подготовки и организации заговора с целью неконституционного захвата союзной власти, упразднения действовавших тогда союзных институтов власти, противоправного изменения конституционного статуса РСФСР». Однако эта попытка отрешения Бориса Николаевича Ельцина от должности Президента Российской Федерации не была поддержана парламентом.
По словам Станислава Станиславовича Шушкевича, Президент России Ельцин заявил в 1996 году, что сожалеет о подписании им Беловежского соглашения.
Выступая в Украинской раде 5 июня 2005 года, бывший президент Украины Леонид Макарович Кравчук сказал, что если бы он знал, что будет твориться на Украине, он дал бы себе скорее отрубить руку, чем подписать Беловежское соглашение. Однако позже, в 2010 году, заявил в интервью, что никогда не жалел об этом. В интервью Радио Свобода в 2011 году он заявил, что подписание Беловежских соглашений являлось государственным переворотом, осуществленным мирно.
Станислав Шушкевич тоже заявил, что ни о чем не жалеет, несмотря даже на то, что в результате этих соглашений в Белоруссии господствует мракобесие и его пенсия составляет 1 доллар 10 центов в месяц.