13 мая 1991 года последняя из союзных республик — РСФСР за счет вечерней части эфира 2-й программы ЦТ получила собственный телеканал «Российское телевидение» (Радио и телевидение России (РТР)), на котором появилась новая информационная программа «Вести». Он стал единственным из республиканских телеканалов, вещающим в эфире всех союзных республик. С августа 1991 года 4-я программа ЦТ, работающая только вечером, стала это делать по будням весь день. 16 сентября 1991 года 2-я программа ЦТ прекратила свое существование. Занимаемая ею частота в полном объеме была передана Всероссийской государственной телевизионной и радиовещательной компании (ВГТРК), которая запустила на ней полнообъемный канал РТР. Повторы передач 1-й программы ЦТ перешли с его 2-й программы на 4-ю.
В октябре того же года прекращает вещание и 3-я программа ЦТ — ее частотный ресурс полностью передается Московской ГТРК. В это же время «Радио-1» переходит на третью кнопку, «Третья программа» ВР получает часть эфирного времени вместе с радио «Юность», а позже полностью прекращает свое существование.
28 ноября 1991 года Министерство печати и информации СССР фактически вошло в состав Министерства печати и массовой информации РСФСР. Новое Министерство печати и информации РСФСР возглавил высший руководитель последнего Михаил Полторанин. Под его управление перешли Всесоюзная ГТРК и Всероссийская ГТРК.
27 декабря 1991 года в связи с ликвидацией СССР Всесоюзная ГТРК была ликвидирована. Вместе с этим ненадолго покидает эфир и программа «Время». ЦТ СССР стало называться Телевидение «Останкино», а 1-й, 2-й, 3-й, 4-й программы ЦТ, Ленинградская программа, Технический канал заменяются в эфире соответственно на 1-й канал «Останкино», РТР, МТК и «2x2», «Российские университеты» и 4-й канал «Останкино», «Петербург — 5-й канал» и «ТВ-6 Москва».
На базе ВГТРК была сформирована Российская государственная телевизионная и радиовещательная компания (РГТРК) «Останкино». Ее основной задачей было освещение политической, экономической и культурной жизни в государствах — членах СНГ, между которыми планировалось акционирование этого вещателя. Первым председателем РГТРК «Останкино» стал Егор Яковлев, а первым генеральным директором — Эдуард Сагалаев.
В начале 1992 года из состава РГТРК «Останкино» были выведены региональные ТРК, в частности Санкт-петербургская государственная телерадиокомпания, осуществлявшая вещание весь день на 5-й телепрограмме в Москве и Санкт-Петербурге и по одному часу на 1-й радиопрограмме днем. На базе Студии московских программ «Останкино» (производившей передачи для 3-й телепрограммы) и Московской студии радио (вещавшей по 1 часу по будням на первой радиопрограмме в границах Москвы) была создана самостоятельная Российская московская телерадиокомпания (РМТК) «Москва». С весны 1992 года значительную часть программ для IV канала «Останкино» стала производить телекомпания ATV. В его эфир также выходило много повторов передач 1-го канала «Останкино», в результате прежняя учебно-просветительская специализации была размыта. С 6 июля 1992 года по будням у этого вещателя образовательные передачи были объединены в блок «Российские университеты», а программам ATV выделялось время после 22.00 часов.
19 января 1993 года 4-й канал «Останкино» был передан Всероссийской государственной телерадиокомпании (ВГТРК). А 2 апреля того же года она и РГТРК «Останкино» учредили Государственную телекомпанию «Российские университеты», которая стала работать на этих частотных волнах.
3 октября 1993 года, в связи с попыткой захвата телевизионного технического центра (ТТЦ), 1-й и 4-й каналы «Останкино» прекратили вещание до утра следующего дня. Во время предвыборной кампании на 1-м канале «Останкино» было предоставлено неограниченное коммерческое время в эфире председателю ЛДПР Владимиру Жириновскому. 16 декабря 1993 года Вячеслав Брагин был смещен с поста председателя РГТРК «Останкино». 17 января 1994 года 4-я программа была передана ВГТРК (получила утренние и дневные часы и производство большей части раннее выходивших здесь образовательных программ) и телекомпании НТВ (получила вечерние часы).
В конце 1994 года одними из соучредителей ОАО «Общественное российское телевидение» (ОРТ) совместно выступали РГТРК «Останкино» и Ассоциация независимых телепроизводителей (АНТ). 14 марта 1995 года генеральным директором телевидения «Останкино» был назначен Григорий Шевелев, являвшийся до июля 1995 года первым заместителем председателя РГТРК «Останкино». 1 апреля 1995 года первый метровый канал перешел ОРТ, а РГТРК «Останкино» стало одним из производителей передач для него.