В то же время опричные отряды заняли Ростов и Ярославль. Княжеские вотчины описываются и идут в поместную раздачу дворянам, боевые холопы опальных княжат распускаются на волю, многие из них принимаются на государеву ратную службу и верстаются поместьями из вотчин из бывших хозяев. Движимое имущество и казна опальных отписывается на государя. Естественно, что при этом расцветает "воровство" (взяточничество, казнокрадство и прямые грабежи).
Уже в следующем, 1566, году большая часть высланных княжат была помилована.
Движимое имущество и казну им вернули, но вместо конфискованных вотчин пожаловали поместья, разбросанные в разных уездах России. Тем самым их могущество оказалось подорвано. Раздача новых поместий "разбавила" ряды коренных землевладельцев, в дальнейшем не позволяя им выступать единым фронтом.
Такая расправа с северо-восточными вызвала неоднозначную реакцию среди знати.
Многие отнеслись к ней негативно, понимая, что подобное государь может проделать и с ними. Это, а также вскрывшиеся многочисленные факты "краж" при раздаче поместий приводят к казни наиболее "одиозного" из опричников — её первого казначея Петра Зайцева. Эта смерть оказалась выгодна всем. Та часть Шуйских, которая пошла на сотрудничество с опричниками и уже "сдала" Александра Горбатого, более не нуждалась в услугах скомпрометированного дворянина, приобретавшего все большее и большее влияние. Плещеевым был совершенно не нужен сильный конкурент.
Сестрорецкий традиционно враждовал с их родом (несмотря на то что они были всего лишь дворянами — при Василии Третьем они влияли на государственную политику).
Состоявшаяся казнь не привела к примирению враждующих группировок.
В опричнине все более явными становились внутренние противоречия. Попытка упрочить центральную власть не привела к полному успеху.
Тем временем военные действия в Литве и в Ливонии все очевиднее принимали затяжной характер. Летом 1566 года царь созвал Земской Собор для решения вопроса о продолжении войны. Его участники высказались против заключения мира на литовских условиях (передачи Литве Смоленска и Полоцка). В результате, закрепляя свое присутствие на занятых территориях московиты начали возводить на ней крепости. В 1566–1567 гг. были построены Козьян, Красный, Ситно, Сокол, Суша, Туровля, Ула и Усвят.
Положение Великого Княжества Литовского было близко к катастрофическому.
Противостоять лучше организованному и более централизованному Московскому царству оно было не в состоянии. При этом Сестрорецкое княжество оказывало Москве намного большую помощь, чем Польское королевство — своему литовскому союзнику. В конце концов все сводилось к простому сравнению численности войск.
Московский царь без проблем содержал на западной границе пятидесятитысячную армию, в то время как литовский князь не мог собрать более 20 тысяч бойцов. В этой ситуации власти Великого Княжества Литовского пошли на объединение с Польским королевством. Решение об этом было принято на Люблинском сейме летом 1569 года. Однако объединение военных потенциалов Польши и Литвы сказалось далеко не сразу.
Литва смогла пережить 1567–1569 годы только благодаря внутренним проблемам в России.
Литовская элита совершенно справедливо рассчитывала на измену части московской знати, недовольной действиями Грозного и прилагала немалые усилия к перетягиванию отдельных её представителей на свою сторону. Однако, благодаря действиям опричников, эти попытки завершились неудачей. Честно говоря — нет никакой уверенности, что все пострадавшие от опричнины состояли в заговорах против царя или были склонны к измене. Скорее есть уверенность в обратном — многие были невиновны, например поверить в измену князя Александра Воротынского достаточно сложно (во время болезни молодого царя он с саблей защищал его покои и угрожал князю Старицкому). Но нельзя не признать, что большая часть казненных и сосланных вела себя крайне подозрительно. Самые известные из казненных — князь Старицкий и конюший Федоров-Челяднин несомненно вели переговоры с литовскими властями и состояли в заговоре против царя. Из двух высших церковных иерархов — митрополита Филиппа (Колычева) и архиепископа Новгородского Пимена кто-то также несомненно был заговорщиком. Апофеозом борьбы с заговорщиками стали события зимы 1569–1570 годов, когда только поход опричного войска сорвал восстание в Новгороде. Естественно, что в этом случае опричникам пришлось действовать крайне жестко и только в самом городе было уничтожено более двух тысяч человек. В начале похода по непонятным причинам был убит низложенный митрополит (по одной версии его казнил Малюта Скуратов по приказу Грозного, по другой — его убили сторонники Пимена, стремясь не допустить встречи с Малютой). По результатам похода (и следствия) опального бывшего конюшего привезли в Москву и казнили, а князя Старицкого заставили принять яд.
Помимо "человеческого фактора" Россия столкнулась и с природными проблемами.