Серьезные проблемы с написанием названий учреждений и организаций возникли в 90-е годы XX в., когда были созданы новые органы власти, новые учреждения и организации. Так, в «Кратком справочнике по оформлению актов федеральных органов государственной власти» (М., 1997) рекомендуется писать: Совет Безопасности РФ, Государственная Дума, Федеральное Собрание, Конституционный Суд РФ, Верховный Суд Республики Башкортостан, Народное Собрание Республики Дагестан, Государственный Совет Республики Коти, Государственная Дума Ставропольского края
и т. д.Орфографические справочники дают различные рекомендации по написанию новых названий. «Справочник по правописанию, произношению, литературному редактированию» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой и Н. П. Кабановой (1994), с одной стороны, поддерживает Правила 1956 г. и рекомендует писать: Верховный Суд России, Объединённые Вооружённые Силы СНГ
и еще Международный Валютный Фонд, а с другой – отмечает, что «в написании некоторых новых названий наблюдаются колебания, например: Федеральное собрание (Федеральное Собрание), Государственная дума (Государственная Дума), Конституционный суд (Конституционный Суд)». Остается неясным, следует ли относить к названиям высших государственных учреждений Государственную думу Ставропольского края, Верховный суд Республики Башкортостан и т. п.В словарях В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» (1999) и «Как правильно? С большой буквы или с маленькой?» (2002) в любых названиях органов власти, в наименованиях учреждений, организаций, учебных заведений и т. п. рекомендуется писать с прописной буквы только первое слово: Государственная дума, Конституционный суд, Федеральное собрание, Народное собрание Республики Дагестан, Российская академия наук, Министерство финансов РФ, Международный валютный фонд
и т. п. Такой принцип написания позволяет отказаться от нелингвистического, по своей сути иерархического деления названий по категориям и ввести единое написание для однотипных по значению и структуре названий.2. От некоторых «идеологических» рекомендаций Правил 1956 г. в практике печати давно отказались. Так, перестала соблюдаться рекомендация писать слово Республика
с прописной буквы только в названиях республик СССР и так называемых стран народной демократии (§ 100) – и появились такие написания, как Федеративная Республика Германия или Южно-Африканская Республика. Ср. также: Первая мировая война, Вторая мировая война, до недавнего времени писавшиеся со строчной буквы как якобы «не являющиеся собственными именами».