В течение следующих трех лет во главе церковного управления фактически стоял сам царь Алексей, который как бы заменял патриарха, а при себе для исполнения чисто духовных обязанностей патриаршего престола, в том числе для хиротонии новых епископов, держал палестинского грека, бывшего Газского митрополита Паисия Лигарида. В отсутствии царя на собраниях русских епископов председательствовал этот авантюрист, запрещенный в служении своим Иерусалимским патриархом. Русские, к сожалению, тогда еще не знали, что Лигарид находится под запрещением, а когда вести об этом дошли до царя, то он всяческими мерами и подарками с трудом добился прощения Лигарида его патриархом.
Перемена власти сказалась немедленно. Уже через неделю после назначения Павла Аввакум был арестован и сослан на север в Мезень. Осенью того же года целая военная экспедиция под главным командованием князя Ивана Прозоровского была послана в леса к востоку и северу от Москвы. Вязниковские леса с их бесчисленными убежищами “лесных старцев” были основательно прочесаны полковником Александром Лопухиным и его войсками. Норы и кельи агитаторов и их духовных детей вокруг озера Кшаро и по реке Клязьме были разгромлены и сожжены. Большое число вожаков этих изуверов было схвачено. Среди них были и сам Вавила, Леонид, старица Маремьяна и игумен Моисей. Кое–кого из них отпустили после допроса и соответствующего внушения. Бывшего воспитанника “парижской академии” Вавилу сожгли, даже не выяснив, к сожалению для историков, происхождение его загадочного изуверского учения[55]. После вязниковских лесов Лопухин “прочесал” керженецкие сборища старообрядцев, уведя с собой Ефрема Потемкина, и затем провел “чистку” по Среднему Поволжью. Со своей стороны, на северном берегу Волги воевода Степан Зубов “чистил” от наиболее фанатических сторонников старого обряда район Костромы и Вологды. Им помогали впоследствии знаменитый полковник Артамон Матвеев, будущая жертва стрелецкого бунта 1682 года, и дьяк Феодор Михайлов. Но хотя многие вожаки “смуты” были задержаны и даже казнены, эта “чистка” дала мало результатов. Именно эти районы на века остались главными местами скопления противников нового обряда и зачинщиков неповиновения церкви[56].
С Никоном правительство поступает не менее круто, и его попытка вернуться к власти заканчивается тем, что царь смотрит на него почтя что с озлоблением и держит его под домашним арестом в Вознесенском монастыре. В 1665 году крутой курс в отношении “церковных мятежников” продолжается. В ноябре более десятка вожаков сопротивления во главе со старым боголюбцем о. Лазарем привозится из Сибири в Москву. Некоторых из них в ожидании собора сразу же ссылают на Север, чтобы предупредить усиление сил сопротивления иерархии в Москве[57]. Из Мезени было легче и скорее их привезти на суд собора, чем из далекой и дикой сибирской окраины. В декабре того же года были арестованы дьякон Феодор и поп Никита Добрынин[58]. Преждевременная смерть позволила Спиридону Потемкину избежать позора тюрьмы. Другие “мятежники церковные”, как, например, игумен Сергей Салтыков, дьякон Феодор, бывший соловчанин старец Герасим Фирсов, архимандрит Антоний, юродивые Авраамий, Федор и Киприан и многие другие, были задержаны и посажены под наблюдение. В начале 1665 года в Вологду был сослан и старик Неронов[59]. Из всех видных вожаков “мятежа” только энергичный, но осторожный игумен Досифей, всю свою жизнь всегда ухитрявшийся избежать ареста, остался на свободе.