Не имея канонических причин ответить отрицательно на вопросы царя и зная, что такой отрицательный ответ может иметь очень неприятные для запрошенного последствия, члены собора были поставлены в весьма нелегкое положение. “Единодушие… устанавливалось лишь по мере того, как церковный спор передвигался с обрядовой почвы на каноническую”, — уже давно отметил В. О. Ключевский, который затем довольно жестоко и не вполне справедливо добавил, что как прежде при Никоне, так и теперь при царе “в правящей иерархии все поняли, что дело не в древнем или новом благочестии, а в том, остаться ли на епископской кафедре без паствы или пойти с паствой без кафедры, подобно Павлу Коломенскому”[75]. Знаменитый историк был прав только частично. Русский епископат спасал не только свои кафедры от возможной мести царя, но и свое положение и свой авторитет в стране и церкви от “мятежных” протопопов и других представителей низшего духовенства. В своей борьбе с низшим духовенством, которое, вслед за Нероновым и боголюбцами, хотело большей свободы и больших прав, епископат был солидарен скорее с Никоном, чем с протопопами, и не имел побуждений солидаризироваться с мятежными сторонниками старого обряда из белого духовенства и рядового монашества. Позже, в конце 1666 и в начале 1667 года, когда дело дошло до осуждения Никона и определения отношений между “царством и священством”, те же епископы проявили гораздо больше независимости и твердости.
Сопротивление епископа Александра тоже длилось недолго. Правда, он привез на собор сделанный им с помощью игумена Феоктиста письменный разбор правки книг, но он все же не решился выступить в одиночку против созданного царем единого фронта владык и подписал, что “исповедует, что все четыре восточных патриарха действительно православны” и что “во всем приемлет и лобызает” постановления собора 1654 года. Он вынужден был признать и действенность трехперстия при крестном знамении и подписать исправленный Символ веры. К счастью, его не заставили возвести анафему на старый русский обряд и двуперстие, чем и облегчили его “равнение” по общему соборному фронту[76].
После того как епископат и собор утвердили свое единство и приняли “вопросы”, вернее кондиции царя, начался разбор дел представителей мятежа церковного. Многие из них заранее, до собора, согласились покаяться и подчиниться авторитету церкви и только затем предстали перед собором. Это были захваченный в чернораменских лесах Керженца старец Ефрем Потемкин, соловецкий старец Герасим Фирсов, архимандрит Антоний Муромский, иеромонах Авраамий из Лыскова на Волге (не смешивать с юродивым Афанасием, в монашестве Авраамием), игумен Сергий Салтыков, старец Боголеп, в миру князь Львов, протопоп Серапион Смоленский и друг Неронова и епископа Александра игумен Феоктист[77]. Все они не решились порвать с матерью церковью и, как Неронов это сделал еще раньше, согласились подчиниться иерархии, чтобы избежать суда собора. После этого они были разосланы по монастырям под надзор.