В ожидании окончательного решения положения Никона бывшего патриарха подвергли ряду допросов. Во время этих допросов представители царя, боярин Семен Лукьянович Стрешнев и новый, недавно приехавший в Москву авантюрист грек, лжемитрополит Паисий Лигарид, предложили ему тридцать вопросов, на которые Никон ответил монументальным трактатом в 955 страниц. Это “Возражение или разорение смиренного Никона, Божиею милостью патриарха” явно показывает, что “смиренный Никон” вовсе не смирился пред лицом грозной для него судьбы[4]. “Священство всюду пречестнейше есть царства”, — с уверенностью заявлял он. Никон обвинял царя в захвате власти в церкви и грабеже церковных имуществ. Путая канонические проблемы с проблемами личными и хозяйственными, он, к сожалению, не хотел отдать себе отчет, что именно благодаря своей неосмотрительности при правке книг, своей жестокости с духовенством и необдуманности при оставлении патриаршего престола в 1658 году он сам создал единый фронт своих врагов, простиравшийся от боголюбцев Неронова и Аввакума до таких клевретов царя, как Лигарид, и интриганов бояр, как Стрешнев[5].
Восемь лет, проведенные русской церковью без ясного и твердого руководства, способствовали дальнейшему развитию борьбы между правительством и иерархией, с одной стороны, и сторонниками старого обряда — с другой. Единство церкви страдало все больше и больше от сомнений и взаимных обвинений. Уже в 1660 году Неронов писал царю, что необходимо поскорее окончить церковные непорядки, так как уход Никона вселил в сердца людей еще больше сомнений по поводу правки книг. По словам старика, очень много “малодушных людей погибает, еже в отчаяние впали, и к церквам Божиим по оскуду учали ходить, а инии и не ходят, и отцев духовных учали не иметь”[6]. На развитие смущения в умах русских людей указывал и Алексей Михайлович в своем письме к бывшему патриарху, отказывая ему в разрешении приехать в Москву. Он писал, что уже из‑за ухода Никона и правки книг “в народе молва многая о разнице в церковных службах и о печатных книгах” повсюду идет и что можно “в народе чаять всякого соблазна”[7]. Через три года, в 1665 году, в письме к патриарху Иерусалимскому царь с горечью откровенно высказывал свои пессимистические взгляды на церковную смуту: “В России весь церковный чин в несогласии, в церквах Божиих каждый служит своим нравом”[8]. Действительно, споры об обряде зашли так далеко, что нередко в одной церкви два священника служили по разному обряду, один по новому, другой по старому[9].
Старик Неронов уже был больше не один в своей борьбе за старую русскую церковную традицию, и со всех сторон страны в Москву шли все умножавшиеся протесты против правки книг. Поняв уход Никона как результат выражения ему недоверия царя, противники церковных новшеств воспрянули духом и, уже не боясь единства действий сурового патриарха и правительства, обсуждали церковные дела “на улицах и перекрестках”[10] и засыпали царя челобитными, надеясь склонить его к восстановлению старого устава. Число произведений в защиту этого устава росло с каждым днем. Некоторые из них были значительными литургическо–богословскими сочинениями, методически и глубоко разбиравшими правку книг.