Несмотря на резкости в спорах и “сильно мятежное” настроение под конец заседаний при расстрижении Аввакума и его товарищей, весь собор в общем прошел в сравнительно мирных тонах. Пример епископа Александра Вятского увлек других в конце концов раскаявшихся оппозиционеров. Увещевания епископата часто носили очень мирный характер, и общий тон подсказывался не духом осуждения старого обряда, а признанием законности нового обряда и необходимостью сохранения единства церкви. Несмотря на отдельные бурные инциденты и окончательное осуждение нераскаявшихся, со стороны иерархии и двора сказывалось определенное желание примирения. Заключительное воззвание собора, принятое на его последнем заседании 2 июля, ничего не говорило о старом обряде, ничего не осуждало и ничего не предавало анафеме. Это “наставление благочиния церковного” было лишь общим решением о “врачевстве душепагубного вреда… сиречь о утолении мятежа от помяненных раскольников”[78]. Проведенные при патриархе Никоне правки книг признавались правильными и советовалось креститься тремя перстами и применять новые молитвы. Только в случае непослушания церкви и продолжения мятежа ослушники объявлялись отцами собора за мятежников. “Аще же кто… не послушает, хотя во едином чесом повелеваемых от нас, или начнет прекословити… мы таких накажем духовно; аще же и духовное наказание наше начнут презирати, и мы таковым приложим и телесная озлобления”[79]. Неосуждением старого обряда и сравнительно мягким обращением с ослушниками, которые, как например Аввакум (с Морозовой), даже во время собора могли общаться и совещаться со своими друзьями, русский епископат как бы намечал дорогу к примирению, что и сказалось в значительном успехе увещеваний. Аввакум оказался в конце концов одиночкой в своем неповиновении авторитету собора, и известное успокоение было достигнуто. Правда, пламя борьбы могло снова вспыхнуть каждую минуту, так как многое осталось недоговоренным, но могло и так случиться, что русские епископы в конце концов договорились бы со своими же русскими защитниками старого устава.
К сожалению, тяжба царя с патриархом Никоном требовала вмешательства восточных, греческих, патриархов в русские церковные дела и ставила царя и двор в зависимость от посредников–греков, налаживавших прибытие патриархов в Россию. В результате эти греки смогли провести на новом, расширенного состава соборе свою совсем нерусскую точку зрения на русский устав, чем значительно обострили московский обрядовый кризис и сделали примирение обеих сторон невозможным.