Хронология работ первого собора не ясна, так как Симеон Полоцкий, редактировавший протоколы совещаний и решений, не обратил никакого внимания на последовательность событий. Во всяком случае после торжественного открытия собора 29 апреля, на котором царь, от лица государства, и митрополит Питирим, от лица церкви, выступили с речами, собор занялся разбором дела четырех оппозиционеров, которые до того времени, несмотря на все убеждения и разъяснения, не отказались от своего отрицательного взгляда на восточных патриархов и новые русские и греческие книги. Это были суздальский священник Никита Добрынин, привезший на собор свой подробный разбор Скрижали и других изданий Никона, благовещенский дьякон Феодор, протопоп Аввакум и священник Лазарь из Романова–Борисоглебска, который не был еще привезен из Мезени и дело которого разбиралось заочно. Книга священника Никиты показалась собору настолько значительной, что ею отдельно занялись Паисий Лигарид и Симеон Полоцкий. Никита оказался упорным противником, резко критиковал новые книги[80], “на бывшего патриарха Никона отрыгал хулы и клеветания, глаголя яко Никон в вере не есть постоянен и остави совершенно веру христианскую, прият же зловерие жидовское и ересь ариеву, несториеву”[81]. О греческих патриархах он отзывался “не хорошо” и “не хотел слушати архиерейских увещеваний”[82]. Разбор его дела затянулся дольше, чем разбор проступков других подсудимых, и только 10 мая, после повторных отказов священника подчиниться авторитету собора, он был лишен сана и отлучен от церкви, а его писания преданы проклятию. Не менее упорен был и дьякон Феодор. Так же, как и Никита, он приготовил для собора письменную память[83], в которой после краткого эсхатологического введения с указанием на последнее отступление он сравнивал старые обряды и тексты с новыми. Его главным аргументом было несогласие между собой текстов разных изданий никоновских богослужебных книг. Как могут верующие иметь доверие к новым книгам, если каждая из них не согласуется в текстах с другими? — спрашивал этот педантичный автодидакт. Еще до собора, во время допросов Феодора, впервые из уст сторонника старого обряда раздались слова осуждения самого царя. Допрашивавший его митрополит Павел, видимо, в пылу дебатов, которые вначале носили далеко не озлобленный характер, несколько легковесно заметил, что он не против старых книг и старого обряда, но не видя зла и в новых, не хочет вносить раздора в церковь и покоряется поэтому царскому желанию сохранить церковное единство. В ответ на это Феодор резко высказался: “Добро угождати Христу…, а не лица зрети тленного царя и похоти его утешать”[84]. На соборе же он отзывался не менее резко о “начальнейших правителях… церкви” и не стесняясь епископского присутствия “изблева яд змеинный от уст своих и отрыгнул слово злоклеветное и ложное… на святейшие патриархи греческие”[85].