Делом бывшего патриарха уже занимался и русский поместный собор 1666 года, и решения русского епископата по этому вопросу были довольно умеренными. Собор осудил патриарха за самовольное оставление престола и паствы и внесение смуты в русскую церковь и определил, что, бросив без достаточных доводов свое пастырское положение, Никон автоматически лишился и патриаршей власти. Но, не желая унижать своего патриарха, русские владыки оставляли ему его сан и предоставляли в его распоряжение построенные им три больших ставропигиальных монастыря. Этот мягкий приговор был обусловлен признанием Никоном власти и авторитета будущего главы русской церкви и обещанием не приезжать в столицу без разрешения будущего патриарха и царя[97]. Но это решение не вошло в силу, и окончательный приговор был отложен до приезда восточных патриархов. Теперь Никону пришлось иметь дело не только со скорее сочувствовавшим ему русским епископатом, но и с восточными владыками, которых на соборе, вместе с патриархами, было тринадцать человек и которые составляли почти что половину состава собора.
Разбор дела Никона официально был начат на первом заседании собора 1 декабря и длился меньше двух недель. Предшествовавшие личные переговоры царя с патриархами помогли быстрому разрешению этого сложного вопроса[98]. Греки, поддержанные лишь немногими русскими епископами, решили осудить Никона и лишить его епископского сана, ставя ему в вину прежде всего его учение о превосходстве священства над царством. Наоборот, большинство русского епископата проявляло большую терпимость и осторожность, защищало авторитет духовной власти против светской и было против лишения Никона его сана. Это, конечно, были Павел Сарский (Крутицкий), Иларион Рязанский, а к ним присоединились Корнилий Тобольский, митрополит Лаврентий Казанский, епископ Симеон Вологодский и архиепископ Стефан Суздальский[99]. По всей вероятности, и другие епископы думали так же, но предпочитали не подвергаться царскому гневу или не находили достаточно новых и веских аргументов. Все же в конце концов собор принял предложенное греками, а, по всей вероятности, и царским двором решение. Приговор был оглашен 12 декабря в присутствии Никона его бывшим ставленником и союзником Иларионом Рязанским. Возможно, что Иларион был избран для этой роли в отместку за свою оппозицию большинству собора. Бывшего “великого государя” обвинили в самовольном уходе с престола, оскорблении царя, внесении смуты в русскую церковь и жестоком обращении с клиром, в частности с епископом Павлом Коломенским, первым мучеником за старый обряд[100]. На этот раз Никон был лишен не только патриаршего сана, но и был извержен из епископского достоинства. После оглашения приговора бывший друг и гость Никона, патриарх Макарий Антиохийский, снял с него клобук и панагию. Ставший простым монахом, Никон сказал немало горьких слов по адресу своих бывших друзей и братьев до сану, но, несмотря на все свое негодование, проявил достаточно достоинства, чтобы не сопротивляться. После этого он был отвезен в глухой и бедный Ферапонтов монастырь[101].
Через полтора месяца после осуждения Никона, 31 января следующего 1667 года, собор торжественно избрал нового патриарха. Видимо, опасаясь возможной оппозиции со стороны нового главы церкви, двор и царь на этот раз наметили на патриарший престол престарелого и очень незаметного бывшего настоятеля Троице–Сергиевой обители архимандрита Иоасафа, ставшего 10 февраля Иоасафом Вторым, патриархом Всея Великия, Малыя и Белыя Руси.
Низложение патриарха Никона было проведено на основании канонических текстов и комментариев к ним, которые были посланы в Москву перед созывом собора всеми четырьмя восточными патриархами. Эти тексты и мнения, известные под названием “Ответов патриархов” и “Правил касательно власти царской и власти церковной, были коллективными ответами на вопросы, посланные им от имени царя и русской церкви, и составленными Паисием Лигаридом и русскими советниками царя по церковным делам. Видимо, сами вопросы подсказывали восточным патриархам ответы, желательные царю и русскому двору. Эти ответы определяли юрисдикцию царя в его сношениях с церковью, устанавливая пределы царской власти в отношении патриарха и епископата[102].