В конце концов Столыпину пришлось отказаться от идеи создания в этой Думе сильного работоспособного центра. Возросшее давление со стороны крайне правых могло привести к отказу от Манифеста 17 октября 1905 года и полному запрещению Думы. Допустить победы реакции Столыпин не мог: это означало бы свёртывание всех задуманных им реформ. В этой сложной ситуации ему удалось сохранить равновесие, не качнувшись ни вправо, ни влево. Он пошел на роспуск Думы, но при этом провёл в жизнь новый избирательный закон, который должен был преобразовать новую Думу в действительно рабочий законодательный орган.
Левая печать сейчас же нарекла эти события «государственным переворотом 3 июня 1907 года». Этот термин до сих пор кочует по учебникам истории. Между тем акты 3 июня полностью отвечали правовым нормам законодательства Российской империи и не носили характера переворота. По сути, речь шла о новом этапе развития представительных учреждений. Столыпин наконец-то нащупал политическую линию, отвечавшую российским государственным началам. На фоне постепенного водворения законопорядка в стране, победы над массовым террором, угасания других революционных эксцессов стало необходимым и возможным приведение в соответствие политической системы и потребностей общественного развития.
16 ноября 1907 года Столыпин выступил с декларацией об историческом самодержавии. Фактически эта речь стала развитием идей выдающегося государственного деятеля М. М. Сперанского о русском конституционном монархизме и самодержавном правовом государстве. Столыпин подчёркивал, что только самодержавие «призвано в минуты потрясений и опасности для государства к спасению России и исторической правды». Но суть самодержавия, по его мысли, постоянно меняется, и нынешнее самодержавное устройство отличается от самодержавия эпохи Петра I и Екатерины II прежде всего тем, что Николай II даровал обществу представительные учреждения, обладающие правом законодательной инициативы. В то же время только один монарх продолжает нести груз ответственности перед Богом за судьбы Отечества. Поэтому в исключительных случаях он имеет право нарушить основные законы для спасения русских государственных начал, ибо сам же и даровал их обществу.
Столыпин отнюдь не стремился к насаждению произвола в государственной жизни. Он настаивал на том, что со временем подобных исключительных случаев будет всё меньше, но пока ещё Дума не имеет опыта государственной деятельности, и для сохранения государственности необходим «лёгкий нажим на закон», который не следует путать с деспотизмом, так как этот «нажим» осуществляется монархом. В самом деле, поток речей депутатов I и II Дум не вылился в созидательное законотворчество, а правительство напряженно работало. В это время Николай II издал 612 законодательных актов, и лишь 3 из них получили одобрение Думы.
Оппоненты Столыпина утверждали, что пока не даны исчерпывающие формулировки исключительных случаев, правительство может манипулировать своим правом как хочет. Но следует признать и правоту премьера: если можно разваливать государство, используя закон, то за чем нужен такой закон? Хорошо это или плохо, но это те самые «русские государственные начала», не учитывать которые трезвомыслящий политик не может.
Правильность предложенной Столыпиным политической линии подтвердилась на выборах в III Думу, где наконец образовался прочный центр умеренно-либеральных сил с октябристами во главе. Выборы показали, что общество трезвеет после кровавого похмелья революции. Столыпин с удовлетворением отметил в беседе с корреспондентом газеты «Волга», что новый строй есть «чисто русское устройство, отвечающее историческим преданиям и национальному духу»[84].
Понимая, что государственные формы неотделимы от их духовного содержания, он рассматривал Российскую империю прежде всего как государство православное. Но увлечение части интеллигенции каббалистикой, гностицизмом, теософией и прочими «духовными поисками» и, как следствие этого, критика Православной Церкви и непонимание её места в обществе и государстве вели к разрушению самобытного государственного устройства России.