В тот же день Петр Иванович отправил письмо Екатерине II, в котором извещал, что узнал от своего брата о том, «что Вашему Императорскому Величеству благоугодно стало всемилостивейше избрать меня к употреблению на пресечение внутреннего в империи пугачевского смятения». Благодаря императрицу за оказанное доверие, Панин, однако, замечает, что должен «в том открыться, что слабость моего здоровья и увечные припадки приводят меня в трепет, чтоб иногда в самых нужнейших действиях не отлучили от возможности исполнять их и своего звания или бы смертию онаго не прекратили». Панин просит снабдить его генералом, который бы в случае чего мог заменить его на боевом посту. И далее: «Я бы почитал теперь первым своим долгом предстать пред Ваше Императорское Величество, но истинно нет естественной силы на такую скоропостижную переездку».
Не приняв во внимание болезнь Панина, императрица послала ему письмо и официальный рескрипт от 29 июля 1774 года о назначении его главнокомандующим войсками, посылаемыми на подавление Пугачева.
В рескрипте императрица обещает выполнить все требования Панина, дать ему всю полноту власти. К таким распоряжениям и склоняли ее придворные советники, еще недавно глумившиеся над Паниным, теперь же с надеждою взирающие на него, как на своего спасителя. Ведь положение в стране, охваченной небывалым по размаху восстанием, было катастрофическое. Видные генералы Корф, Кар, Бибиков, Голицын, Чернышев, Рейнсдорп не смогли подавить мятеж.
Его сиятельство граф Потемкин в те дни с тревогой писал императрице: «Обстоятельства тамошние столь худы сделались, что уже одним оружием кончить не надежно; а нужен мудрый муж, испытанный в искусстве и ревности, могущий восстановить порядок и словом вложить душу в расстроенный народ».
При всем этом Екатерина не доверяла Петру Ивановичу Панину и, назначая его главнокомандующим, в то же время писала Потемкину: «Господин граф Никита Панин из братца своего изволит делать властителя с беспредельною властью… Я пред всем светом первого враля и моего персонального оскорбителя, побоясь Пугачева, выше всех смертных в Империи хвалю и возвышаю».
Но Панин и без того был знаменит. Его помнили и любили в русской армии. Английский посланник Роберт Гуннинго, сообщая в Лондон о назначении Панина, писал: «…он был единственный человек в Империи, способный занять это место».
Так что Панин вовсе не жаждал, а, по настоянию Государыни, лишь согласился взять на себя «тяжелый подвиг». В помощники себе он получил генерал-поручика Александра Васильевича Суворова Вот какие военные силы привлек к себе Пугачев.
Как известно, Панин быстро, в течение двух, месяцев, погасил пламя крестьянской войны. Захваченного Пугачева посадили в деревянную клетку и в сопровождении усиленного конвоя доставили из Яицкого городка в Симбирск. Дождливым утром 2 октября его подвезли к парадному крыльцу служебного дома, на котором со свитой стоял «главный усмиритель» восставших граф Панин.
Пользуясь «Летописью» Рычкова и воспоминаниями очевидцев, Пушкин в «Истории Пугачева» описывает эту сцену так:
«— Кто ты таков? — спросил (Панин) у самозванца.
— Емельян Иванов Пугачев, — отвечал тот.
— Как же ты смел, вор, называться государем? — продолжал Панин.
— Я не ворон, — возразил Пугачев, играя словами, изъясняясь, по своему обыкновению, иносказательно, — я вороненок, а ворон-то еще летает…
Панин, заметя, что дерзость Пугачева поразила народ, столпившийся около двора, ударил самозванца по лицу до крови и вырвал у него клок бороды».