Поотдохнув и собравшись с силами, Нечай вскоре повел свою дружину в далекую Хиву в надежде захватить там легкую добычу. Ему поначалу повезло: хивинский хан со всем своим войском находился в отлучке, ведя войну с бухарцами. Нечай быстро завладел городом Хива и его богатствами, взял себе в жены ханскую жену. Как пишет Рычков,
Войско представляло собой несколько общин древневечевого устройства, где все, как в старину на вече, имели право голоса, хотя и было выборное начальство — атаман, которому дозволялось вести повседневные дела, суд и расправу над повинными казаками. Атаман и его помощники — старшины избирались из авторитетных казаков. Все важные дела решались сообща в Войсковом кругу. Определенного срока службы у казаков не было, недаром они называли себя вольными людьми.
Но такая их самостоятельность вредила общим задачам государства. Вот почему русское правительство с начала XVIII века стало ограничивать права и волю казаков, требовать повиновения самодержавной власти. Петр I, не желая видеть какую-либо часть государства независимой, удалившейся от центрального руководства, издал указ, по которому Яицкое войско с 10 марта 1721 года было передано в ведомство Военной коллегии с одновременным подчинением астраханскому губернатору. При образовании в 1744 году Оренбургской губернии яицкие казаки по всем внутренним делам и распорядкам стали подчиняться непосредственно Неплюеву.