Военная коллегия стремилась пресечь казачье самоуправство, реорганизовать сам строй Яицкого войска и, объединив в нем все общины, превратить его в боевое подразделение русской регулярной армии. Казаки же слышать не хотели о солдатчине, уставных требованиях, которые бы нарушили их вольные обычаи и нравы. Особое возмущение у них вызвало намерение Военной коллегии произвести в общинах перепись населения, якобы ради общей пользы войска: жалованье отпускалось всего на 600 человек, хотя казаков было в несколько раз больше. Перепись помогла бы установить точную численность войска и соответственно увеличить сумму жалованья. Однако казаки всячески уклонялись от переписи, страшась того, что затеяна она ради введения рекрутчины. Их тревожило всякое административное вмешательство Москвы. Казаки просили не заселять их земли самарскими и симбирскими дворянами, как предусмотрел в своем проекте Татищев. Они опротестовали этот проект в своей встречной просьбе к правительству.
Противясь всякому нововведению, они упрямо твердили:
«Не можно сему быть, понеже войску Яицкому даровано от царя Михаила Федоровича право служить казачью службу по своему обыкновению» (то есть по-старому. —
Или: «Не бывало сего при наших дедах и отцах, не бывать и у нас!»
Осуждая новые порядки, казаки, однако, видели, что вечевой строй их общин устарел. Козни и междоусобицы расшатывали войско. Казацкие старшины взимали с простых казаков немалые деньги за право рыбной лови, наживаясь за счет бесконтрольных поборов.
Не менее грабительским оказалось прибытие к яицким казакам в середине XVII века астраханских купцов Гурьевых. Эти предприимчивые «гости» перегородили реку «учугом», сколоченным из деревянных свай, шестов и плетней. Поднимаясь с моря вверх по течению для нереста, осетры, белуги, сазаны натыкались на эту перегородку, теснились здесь большими стадами. Рыбу вычерпывали из воды специальными лопатами и сачками, Московское правительство, не вникнув в суть этого прибыльного способа рыболовства, опрометчиво выдало купцу Михайлу Гурьеву грамоту, говоря сегодняшним языком, патент на его изобретение и обязало построить на берегу защитный городок. В 1640 году он был построен и назван Гурьевым. Гурьевский учуг был своего рода огромным браконьерским сооружением, красная рыба не могла подняться в верховья на нерест, река за какие-то десятилетия заметно обезрыбела. Яицкие казаки, встревоженные и озадаченные, обратились прямо к императрице с жалобою на то, что «астраханские гости оголодали все войско».
Неплюев еще в 1743 году в своем донесении в Сенат вступился за казаков, признав их жалобы справедливыми. В итоге заселение дворянами земель по нижней части Яика отменили, а гурьевский учуг был отворен для прохождения рыбы из моря вверх по реке и передан в пользование казакам.
Военная коллегия же по-прежнему смотрела на Яицкое войско как на пограничную военную силу и искала всякие способы для дальнейших ограничений его самостоятельности. Не случайно она поручила Неплюеву заняться вопросами прямо-таки следственного характера.
Прибыв в Яицкий городок, Неплюев, по совету Рычкова, прежде чем чинить команды и распоряжения казакам, начал собирать мнения о всех обстоятельствах их прошлой и настоящей жизни. Многое уяснил для себя первый оренбургский губернатор из бесед со старшинами, с войсковым атаманом Андреем Бородиным и с бывшим атаманом Ильей Меркурьевым, у которого отец, Григорий Меркурьев, тоже был атаманом и, дожив до ста лет, умер в 1741 году.