Приор назначал большинство командоров в своей провинции. Вначале он не мог передать каждому брату более одной коменды. Но в 1270 г. ему было разрешено наделять брата двумя комендами, если это приносило доход. В 1283 г. приору было запрещено передавать коменду брату, который не проживал постоянно в приорстве, исключение делали только для брата, который отправлялся в поездку по поручению приора не более чем на год. Приор имел также право проводить реорганизацию своих коменд, чем и занялся в 1229 г. приор Сен-Жиля. В 1295 г. другой приор намеревался преобразовать дома ордена в Тарасконе и Марселе в гостиницы для братьев, отправлявшихся в путешествие на Восток. Количество коменд, дарованных приором, постепенно сокращалось по мере того, как все больше братьев назначалось на пожалованые коменды и все больше бейлифов становилось во главе
К концу XIII в. во всем ордене утвердился порядок визитации приоров. Приор мог применить дисциплинарные наказания к командорам, только если это не были командоры пожалованных коменд. Местные капитулы могли подавать ему апелляцию. Его право судопроизводства ограничивалось решениями его собственного капитула, в то время как братья имели право непосредственного обращения к магистру. В управлении приору помогали местные конвентуальные чиновники и ежегодно собиравшийся капитул провинции. Вероятно, конвент приорства был по составу малочисленным. Так, в 1270 г. конвент Сен-Жиля состоял из командора, приора церкви, казначея и двенадцати братьев. Первое упоминание о казначее Сен-Жиля относится к 1187 г., ему подчинялись все госпитальеры «по эту сторону моря». К 1262 г. у каждого приора было финансовое управление –
Приоры использовали печати, которые впервые появились в Сен-Жиле между 1153 и 1158 гг. К 1251 г. все они имели свои печати, хотя на них не были написаны их имена. Папа Иннокентий IV поддержал подобную практику, несмотря на то что каждый раз при смене приора было сложно надписывать печать новым именем. Но, видимо, под давлением общественного мнения Генеральный капитул 1270 г. все же принял решение, что печать каждого приора должна быть надписана его именем. Целью принятого статута было также ограничить возможные злоупотребления приоров и усилить контроль над ними со стороны их конвентов. Известно, что ранее приор имел на руках свою печать, а после его смерти она переходила к брату, который передавал ее провинциалному капитулу. Теперь печать каждого приора должна была храниться в ящике или сундуке, который открывался при помощи четырех ключей. Приор должен был иметь один из этих ключей, три оставшихся хранились у конвентуальных братьев, чтобы лишить приора возможности поставить печать без согласия конвента.
Приоры обладали широкими полномочиями, что открывало путь к злоупотреблению властью. Генеральный капитул 1265 г. разбирал вопрос о вымогательстве приором с командоров боcльших сумм, чем они были способны заплатить. Но злоупотреблениям, присущим системе провинциального управления, активно противостояли магистр и Конвент на Востоке.
Магистр и Конвент на Востоке представляли собой высшую судебную инстанцию, которая принимала апелляции. Магистр осуществлял постоянный контроль за административной и хозяйственной деятельностью ордена. Он часто лично назначал приоров и вел переписку со светскими правителями. Он вмешивался в управление провинциями; иногда ему непосредственно докладывали о состоянии многих важных дел, которыми должен был заниматься исключительно приор. В непосредственной юрисдикции магистра и Конвента находились пожалованные коменды.