Осаду форта Сент-Эльмо Драгут начал с того, что организовал его систематический обстрел. На мысе, называемом с этих пор Драгут-пойнт, были возведены новые артиллерийские позиции. Турецкие пушки были установлены и на оконечности полуострова, с другой стороны ограничивающего вход в Большую гавань, там, где сегодня находится форт Рикасолли. Правильная тактика, избранная Драгутом, быстро дала свои плоды. Гарнизон форта, взвесив соотношение сил, решил, что сопротивление бесполезно. 5 июня шевалье Мидрана, имевший репутацию безупречно мужественного рыцаря, переправился на лодке в Биргу, где находилась штаб-квартира госпитальеров. Внимательно выслушав его, члены капитула были склонны согласиться с необходимостью оставить форт Сент-Эльмо. Против эвакуации решительно выступил только великий магистр. Однако его авторитет оказался столь велик, что капитул в конечном итоге поддержал его точку зрения. Когда Мидрана передал оборонявшим форт рыцарям приказ великого магистра защищать форт до последней капли крови, в их стане начался ропот. Более 50 рыцарей поставили свои подписи под обращением к ля Валетту, в котором заявляли, что если великий магистр хочет их гибели, то они готовы выйти на стены форта, вступить в бой с турками и с честью погибнуть в бою.
Ля Валетт реагировал на подобное развитие событий с присущей ему выдержкой. Под прикрытием ночной темноты в форт из Биргу переправилась комиссия, которой было поручено обследовать положение на месте. Сочтя, что форт еще можно оборонять, 11 членов комиссии решили лично возглавить оборону, заменив его гарнизон свежим подкреплением из Биргу. Ля Валетт направил оборонявшимся записку, в которой разрешал всем желающим покинуть форт. Однако, как гласит легенда, ни один рыцарь из форта Сент-Эльмо не покинул своего поста.
В середине июня туркам удалось совершенно отрезать форт от внешнего мира. Турецкая артиллерия медленно разрушала его стены, однако все попытки турок проникнуть в форт успешно отбивались рыцарями. Это деморализовало султанскую армию. К тому же осколком каменного ядра был смертельно ранен Драгут. Его останки с воинскими почестями были привезены в Триполи и захоронены в небольшой мечети, стоящей у входа в порт, рядом с сохранившейся с римских времен триумфальной аркой Марка Аврелия.
Современные арабские ученые неоднозначно относятся к Драгуту и его роли в средиземноморских делах. Весной 1989 года ливийский институт Джихад, занимающийся изучением национально-освободительной борьбы ливийского народа, организовал симпозиум на тему «Драгут — страницы священной войны (джихад) в Средиземноморье». С основным докладом выступил известный ливийский писатель и историк Али Мисурати, предложивший увековечить память о Драгуте как герое борьбы арабов против европейской экспансии и колонизации. Ему возразил председатель Общеарабского народного конгресса Омар эль-Хамди, охарактеризовавший Драгута как чужеземца, турецкого наемника, сеявшего вражду и рознь среди арабов ради продления османского господства. Последовавшая за этим дискуссия показала, что та и другая точки зрения имеют и сторонников, и противников.
Осада Мальты 1565 года. Миниатюра XVI века. Хорошо видны укрепления рыцарей-госпитальеров, окруженные турецкими полчищами.
Тем не менее осенью того же года мечеть Драгута, как ее называют в Триполи, была отреставрирована. Она стоит у черты старого города, напоминая о бурных и сложных событиях трехвековой давности.
22 июня турки пошли в решающую атаку, но и она была отбита героически сражавшимися защитниками форта. Однако новую атаку сильно поредевший гарнизон форта отразить уже не смог бы. На следующее утро раненые и умирающие были перенесены к брешам, чтобы погибнуть с оружием в руках.
Утром 22 июня ворвавшиеся в форт турки перебили всех оставшихся в живых. Безжалостной расправы избежали лишь несколько рыцарей, попавших в руки людей Драгута, знавших о том, что орден был готов выплатить высокий выкуп за пленных.
Ярость турок была так велика, что Мустафа-паша приказал обезглавить тела погибших рыцарей, приколотить их к деревянным крестам и пустить этот страшный груз по воде в сторону форта Сент-Анжело. На следующее утро течение прибило кресты с телами четырех рыцарей к противоположному берегу. Ля Валетт расценил этот варварский жест как объявление «войны на уничтожение», в которой побежденный не мог рассчитывать на пощаду. В тот же день все турецкие пленные в Биргу и в форте Сент-Анжело были обезглавлены. Их головами зарядили две самые большие пушки — василиски, которые по команде ля Валетта произвели страшный залп по турецким позициям.
Огромная турецкая армия плотным кольцом охватила Биргу. Отныне весь огонь турецкой артиллерии был сосредоточен на последних рубежах обороны рыцарей.