С ноября 1945 г. по совместительству – начальник отдела «К» НКГБ СССР, созданного для оперобслуживания атомных спецобъектов. С мая 1945 г. также являлся начальником Особого бюро – информационно-аналитической службы при наркоме внутренних дел СССР. С января 1946 г. эта служба подчинялась наркому, позднее – министру госбезопасности СССР. После образования в марте 1946 г. МГБ[20]
СССР П. А. Судоплатов совмещал должности руководителя 4-го управления (до его упразднения 15 октября 1946 г.) и отдела «С» (с 4 мая 1946 г. по 30 мая 1947 г.). 15 февраля 1947 г. возглавил отдел «ДР», созданный для развертывания в случае войны разведывательно-диверсионной работы против военно-стратегических баз США и НАТО, расположенных вокруг СССР. 9 сентября 1950 г. утвержден начальником Бюро № 1 МГБ СССР по диверсионной работе за границей, созданного на базе Спецслужбы МГБ СССР. 6 января 1951 г. возглавил Бюро на правах начальника управления.После смерти И. В. Сталина, 17марта 1953 г. П. А. Судоплатов был назначен заместителем начальника ПГУ[21]
(контрразведка) МВД СССР. С 30 мая 1953 г. он – начальник 9-го (разведывательно-диверсионного) отдела МВД СССР. После ареста Берии 9-й отдел МВД был расформирован, а П. А. Судоплатов 31 июля 1953 г. переведен в ВГУ[22] МВД СССР на должность начальника отдела. Однако уже 20 августа 1953 г. он был уволен «за невозможностью дальнейшего использования», а 21 августа 1953 г. арестован в собственном кабинете. Ему предъявили обвинение в бериевском заговоре, имевшем целью «уничтожение членов Советского правительства и реставрацию капитализма».До 1958 г. П. А. Судоплатов находился под следствием. Виновным себя не признал. 12 сентября 1958 г. на закрытом заседании ВК ВС[23]
СССР было рассмотрено дело по обвинению П. А. Судоплатова в преступлениях, предусмотренных ст. 17–58 п. 16 УК РСФСР. Он был приговорен к тюремному заключению сроком на 15лет, с последующим поражением в политических правах на 3 года. 17 октября 1958 г. лишен воинского звания и наград, как осужденный ВС СССР. С сентября 1958 г. отбывал наказание во Владимирской тюрьме, где перенес три инфаркта, ослеп на один глаз, получил инвалидность 2-й группы.